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2023年8月16日水曜日

スーパー初心者のためのオリゴ核酸合成入門 (5'末端リン酸化編)

クラフトビール大好きコンキチです。
5月に小江戸川越に行ったときに呑んだクラフトビールのメモです↓

COEDO BREWERY THE RESTAURANT (川越, visited May 2023)
住所:川越市脇田本町8番地1 U_PLACE 1F

-The ハウスエール M (750 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
このお店オリジナルにホワイトエール。ALC. 4.5%。
スイート (sweet)、シトラス (citrus)、和的なスパイシー (spicy)に加えてアニス (anis)の清涼感のある香味も感じる。
キレがあるのにコクもあって、苦味も心地いい。
そして、マイルドな味わいにして滑らかな飲み心地。
うま過ぎる。
柚子を使ってるそうなので、和的スパイシーはそれなんだと思います。

-青ザーサイのナムル (480 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
浅漬けのザーサイをごま油とにんにくで和えた一品。
フレッシュなザーサイににんにくが効いていて、シンプルに美味しいです。


-四川家庭風 よだれ鶏 (780 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
トップに戴いたパクチーと胡瓜(軽く浅漬けしてるんじゃないかと思う)がとこしえにフレッシュ。
蒸し鶏は軟らかく嫌味なところが一切なし。






-紅赤 -Beniaka- M (750 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
Imperial Sweet Potato Amber。ALC. 7%。
とってもフルーティー (fruity)で程よい繊細なロースト (roast)感。キャラメリック (caramel-like)、スイート (sweet)、ラムネ (ramune-like)といった香味リッチ。
キメ細かい味わいで、文句なしに旨い。



-生がき (600 JPY)-
-RATING- ★★★☆☆
-REVIEW-
ふくよかな食感で美味しいんだけど、あまり感動しない。
フレッシュだと思うんだけど、瑞々しさいっぱいという感じでいないい。
一口で食べちゃったけど、貧乏臭くチビチビ食べて弾力に富んだ身を楽しみながらビールの肴にすべきだったか。



-中華粥 (600 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
具材は、生姜、細かく刻んだ蒸し鶏、刻み葱、青菜。
穏やかで滋味深い味わいが五臓六腑に染み渡る。
まさに、お米のポタージュ。





-漆黒 -Shikkoku- M (750 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
Black Lager。ALC. 5%。
綺麗な黒ビールの香り。
濃厚な味わいなのに、飲み口が軽やかですっきりしている。
まさに、重たすぎないスムーズな軽やかさの旨味の黒ビールに仕上がっていると思いました。



川越って時の鐘とか蔵造りのレトロな街並みが観光スポットで、その辺りとか、そこへ向かうアーケードにある飲食店ってチェーン店でも観光客で混雑してたんですが、駅の反対側にあるこのお店は落ち着いていてよかったです。


閑話休題


先日、名古屋大学の阿部先生らの報告で、mRNAの生物学的合成法についてメモしたわけですが、オリゴ核酸の末端修飾って重要だなって思いました。
因みに阿部先生らのグループは、昨年、107-ntのmRNAの完全化学合成も成功していますね。
両者のお題はともにmRNAをつくることなんですが、いろいとと違いがあります。
まぁ、酵素を使った生物学的合成と化学合成なので、いろいろと違うところがあるのは当たり前なんですが、大きな違いの一つにCap構造の構築法があると思います。
酵素を使う場合は5'末端が三リン酸か二リン酸である必要があるのに対して、化学合成ではモノリン酸でなければならないということです。

ということで、今回はオリゴ核酸の化学合成における5'末端リン酸化法についてメモしてみます。

合成法は定番のホスホロアミダイト法で組み上げていきます。
で、最後のリン酸化のためのアミダイト(Chemical Phosophorylation Reagent, CPR)は次のものがラインナップされています(Fig.)。
Fig.   Chemical Phosphorylation Reagents

Scheme 1   Mechanism for β-elimination of CPR

Scheme 2   Mechanism for elimination  of CPR II


Scheme 3   Option for 5'-phosphorylation

CPRはDMT-ON精製に対応していないことと(Scheme 1)、β-脱離をコンプリートに完結させる条件が少しキツイことが欠点です(樹脂からの切り出しは塩基性条件で行うんですが、その段階でβ-脱離が起こっちゃんですね)。
で、CPRの欠点を改善したのがCPR IIです。DMT保護されている状態では脱離反応が進行しないのでDMT-ON精製可能で、DMTを脱保護した状態ではCPRよりマイルドな条件で反応が進行します(Scheme 2, 3)。
ところで、CPRとCPR IIは粘性の高い液体で秤量するのがウルトラ面倒です。それに対して、Solid CPR IIはその名の通り固体なので秤量するのが楽チンで、CPR IIと同様に使用することができるいいヤツです。

ということで、ボクはSolid CPR IIを推していきたいと思います。

以上、二流大出のテクニシャン(研究補助員)の5'末端修飾メモでした。

   

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