2024年6月2日日曜日

スーパー初心者のためのオリゴ核酸合成入門:RNAの化学合成は何故チャレンジングなのか?

ども、居酒屋大好きなボッチ星人のコンキチです。
ということで、駅ナカの小洒落た居酒屋で一人呑みしてきたときのメモです。


-ぬる燗佐藤 御殿山茶寮 memo-

住所:港区高輪3-26-27 エキュート品川2階

-紀土 山田錦50 純米大吟醸 90 ml (540 JPY, visited Dec. 2016)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
常温で提供されたです。
吟醸香は華やかでフルーティー。柔らかくて優しい香り(吟醸香が鼻につくタイプではなくて良き)。 
テイストも香り同様柔らかく、優しい立体的な膨よかさを感じる。 
常温の大吟醸でこれは凄いと思う。惚れた。



-酒盗 (540 JPY, visited Dec. 2016)-
-RATING- ★★★☆☆
-REVIEW-
塩辛い味付けで酒のアテにベストマッチ(酒がすすむ)。
普通に旨い。







-美丈夫 特別本醸造 180 ml (1,080 JPY, visited Dec. 2016)-
-RATING- ★★★★☆
-REVIEW-
お湯を張った木の箱の中に入ったチロリの中の酒が入っている(この状態で提供)。チロリを湯からあげた際に底の湯を拭くための布巾が付いてくるのが心憎いです。
酒質は燗上がりするタイプだと思う。
仄かに昇温由来と思われる滋味を感じて、口に含んで喉に流し込む一連の所作が楽しくなる味。 
提供温度域は上燗程度か? 
落ち着いた味で、食中酒として良いと思いました。 

-からすとんび (432 JPY, visited Dec. 2016)-
-RATING- ★★★☆☆
-REVIEW-
タコ・イカの顎ないしは顎板(くつばし、くちびる)。
弾力に富み、(けっこう)噛み切りやすい。比較的淡白な味ながら、噛むほどに味(タコ・イカ様、特に加熱したイカ様)が染み出る。 
一粒一粒が食べ易く、酒のツマミに良い。 


-大山鶏もも肉の柚子胡椒塩焼き (1,080 JPY, vsited Dec. 2016)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
ジューシーでむっちり軟らかく、塩加減が良い塩梅。滋味深く美味しいですよ。 







-赤武 新生酒 F NEWBORN (702 JPY, visited Dec. 2016)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
「究極のキレ」がウリのようです。
ボク的にはキレはあまり感じなかったけど、独特の不思議な味わいは何とも形容し難く、とっても美味しい。 





-じゃこ入り芝浦玉子焼き (626 JPY, visited Dec. 2016)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW- 
物凄く旨い! 味が濃厚。
玉子の味、お出汁の味、具材の味の融合が怒涛の旨さとなって押し寄せる。
また食べたいリピート必至の一品。


-ちょい飲みセット (2,000 JPY, visited Sep. 2024)- 
お好きな日本酒一種+料理四種"のセット。 
-青森 陸奥八仙 特別純米 【漁火】-
-RATING- ★★★☆☆
-REVIEW-
 冷や(常温)でいただく。
青森県産華吹雪を全良使用のお酒で、米の甘みや旨味を残しつつ、やや辛口タイプに仕上げたといいます。
ひんやりとした甘い香り(少し鼻につくか)の淡麗辛口。滑らかな舌触りで、とても柔らかい酒質。落ち着いた膨よかさを感じる。
ボク的には食中酒向きのイメージ。 

-〆鯖-
-RATING- ★★★☆☆
-REVIEW- 
〆加減が繊細で美味しい。
欲を言えば、もう少し潤いが欲しいい。
 山葵は粗めにおろされていて超フレッシュで甘味も感じる。これが〆鯖にベストマッチ! 

-梅水晶-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW- 
梅の味付けはマイルドめで上品な仕上がり。
大葉の陰に大根おろしが隠れている。 
普通に文句なく旨い。 

-明石たこチャンジャ-
-RATING- ★★★☆
-REVIEW- 
こちらもかなりマイルド。 
上品で普通に美味しい(蛸はちょっぴり)。 

-えいひれ- 
-RATING- ★★★★★
-REVIEW- 
旨くて驚いた。 
場末の酒場にありがちな苦手な気の抜けた様なぼやけた甘さが殆どない。
乾物の旨味が濃縮。そして、えいひれらしいライトな甘さ。
そのまま食べて十分美味しんだけど、マヨネーズで旨さがワンランクアップ。 

 
-じゃこ入り芝浦玉子焼き (750 JPY, visited Sep. 2024)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW- 
ちょいゴワの玉子焼きの舌触りが堪らない。 
玉子の旨味が溢れてる。
お出汁のしっかりした味(濃いめ)リッチ。
上品旨い滋味がじゃこからも滲み出ているのか。
絶品。 

 -ザ・モルツ【瓶】 (580 JPY, visited Sep. 2024)- 

-特別本醸造 美丈夫【燗】180 cc (1,200 JPY, visited Mar. 2024)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
ミルキーかつフルーティーな香味。
甘酸っぱい味わいで呑み口が良い。
いい感じの辛口。 





-目鯛刺身 (900 JPY, visited Mar. 2024)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
大振りに切り出された目鯛の身はしっとりした舌触り。
素朴な淡白さを醸す旨さ。 
山葵はフレッシュで辛味が鼻に抜ける。


-播州一献 超辛口 90 cc (550 JPY, visited Mar. 2024)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
柔らかい口当たり。微弱なミルキーノート。上品な辛さ。そして、米の柔らかい酸味。
ホント美味しいんだけど、「超辛」ではなくね?





-カンパチカマ焼 (900 JPY, visited Mar. 2024)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
これは旨い!
身の張りが良く、ホロホロと崩れる食感が心地いい。
脂の溜まった軟らかい部分も美味しい。
薄味で上品な旨味がたっぷり。
レモンで味が映える。
たっぷりの大根おろしにお醤油を垂らして、しょっぱさを調整して味わうのがいいと思いました。


日本酒を注文すると、その都度日本酒カードが付いてくるサービスが心憎い。
場所柄、お上品な店だったです。 


閑話休題


前回、オリゴデオキシリボブクレオチド(オリゴDNA)の化学合成をメモしました(http://researcher-station.blogspot.com/2024/02/blog-post.html)。
今回はオリゴRNA合成のメモです。


一般的に、RNAはDNAとは異なり高いpH領域で不安定で、その性質がRNA合成を難しいものにしているといいます。
なので、2'位の水酸基は、オリゴヌクレオチド合成中は元より塩基性条件下でホスホジエステルと核酸塩基を脱保護する際、2'位の水酸基は保護されていなければなりません。
バックボーン・クリベージとバックボーン・マイグレーションがその要因ですね。

ということで、2'位の水酸基はシリル基で保護されることになり、鎖長を伸長させた後、固相担体の切断と核酸塩基の脱保護を行い、最後にシリル基の除去を行うことでオリゴRNA合成が完結します(TBAFかTEA•3HFで脱保護します)。

最も一般的の用いられる2'水酸基の保護基はTBDMS基ですね(例えば、2022年に報告された名古屋大学の阿部先生のグループの200塩基からなるRNAの完全化学合成ではTBDMS基が使われています(論文には書いてなくて、口頭でそう言ってました)。ACS Chem. Biol., 2022, 17, 1308-1314. http://researcher-station.blogspot.com/2022/11/rna.html)。
あと、高額になりますがTBDMSよりもいいTOM (2'-O-TriisopropylOxyMethyl)という保護基があります。

TOMの利点は二つあって、一つは、シリル基周りの立体障害がTBDNSより空いていることから、カップリング効率がTMDNSに比して向上します(2'-OMeと同等の反応性という報告もあります)。
もう一つは、塩基性条件下における核酸塩基の脱保護工程における安定性です。
TBDMS保護では2' to 3' マイグレーション (バックボーン・マイグレーション)が起こり得ますが、TOM保護ではそれが抑制されるといいます。

特にアンモニア水中におけるスタンダードなDNAの脱保護条件では、TBDMS基が脱落しやすいです。従って、RNA合成における脱保護はよりマイルドで迅速に行わなければなりません。
ということで、核酸塩基の保護基をより除去しやすいものに変えてやって、穏和な条件で脱保護してあげるのがオリゴRNA合成には効果的です。具体的には保護基を次のものに変えてあげます↓

核酸塩基の保護基をベンゾイルからフェノキシアセチルやアセチルに変えるんですね(アミダイトモノマーの値段は高くなりますが)。

このように、除去しやすい保護基を導入することで、より温和な反応条件(脱保護条件)を適用することが可能になります。例えば、AMA (conc. NH3 aq./40% MeNH2 aq. =50/50)、conc. NH3 aq/EtOH (3:1)、K2CO3 in MeOH、EMAM (ethanolic MeNH2/MeNH2 aq.=50:50)などでしょうか。

このように、塩基性条件下で安定な2'水酸基の保護基、除去しやすい核酸塩基の保護基、温和な脱保護条件の適用といった三位一体のコンボで、効率的なRNA合成ができるというお話でした。

以上、役に立つかどうか分かんないけど、二流大出のテクニシャン(研究補助員)のオリゴRNA合成メモでした。

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