2026年1月19日月曜日

クリック！、クリック！ (SPAAC)：反応条件編 The Final Reckoning

突然ですが、先日初めて食べた広島お好み焼きのメモです。

-電光石火 東京駅店 (visited Dec. 2025)-
住所：東京都千代田区丸の内1-9-1 東京駅一番街 B1F

-生ビール (750 JPY)-


-電光石火 (1,790 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
およそ食べ物の名前とは思えない料理名(？)は、肉・玉子ダブル・そば or うどん・イカ天・大葉・ネギ(九条ねぎ)かけからなる広島お好み焼き(そばをセレクト)。
まず、玉子が旨いですね。綺麗な旨味が濃いし食感もいい。
ソースはがマイルドで口に優しく馴染みます。
豚肉は普通に美味しくて、イカ天が濃厚な滋味深さを付与。
そばは軟らかくて味がついておらず、そばだけ食べても美味くないんですが、他の具材と一緒に頬張ると凄くいい。
九条ネギがたっぷり掛けてあるのも嬉しい。

インパクト大かつ可愛いらしいフェイスは目も楽しませてくれます。
ボクは二十代の頃から”もんじゃ”派なんですが、これは好きになっちゃいますね。


閑話休題

こんな論文を読んでみました↓

The effects of buffer, pH, and temperature upon SPAAC reaction rates
Org. Biomol. Chem., 2025, 23, 2432-2438.

クリック反応(SPAAC)に於けるバッファー、pH、温度の影響を調べた論文です。

試した基質、バッファー、条件は次の通りです。

アジド：1-azido-1-deoxy-β-D-glucopyranoside, 3-azido-L-alanine
アルキン：sulfo DBCO-amine, DBCO-Her, DBCO-PEG5-Her
バッファー：PBS、HEPES、MES、borate
pH：5-10
反応温度：25˚C、37˚C

PBSはGibcoの市販品を購入し、HEPES、MES、borate (Boric acid)については粉物の試薬を脱イオン水に溶解して1M溶液を調製し、1M HClもしくは6M NaOHを加えてで望みのpHに調整しています。

PBS, 1×, pH 7.2 (KH2PO4 (1.5441177 mM), NaCl (155.17241 mM), Na2HPO4•7H2O (2.7089553 mM))


まずはsulfo DBCO-amineとアジド(1-azido-1-deoxy-β-D-glucopyranoside, 3-azido-L-alanine)との反応で観測された速度定数の結果です↓

1) sulfo DBCO-amine × 1-azido-1-deoxy-β-D-glucopyranoside, 25˚C

2) sulfo DBCO-amine × 1-azido-1-deoxy-β-D-glucopyranoside, 37˚C
3) sulfo DBCO-amine × 3-azido-L-alanine, 25˚C
4) sulfo DBCO-amine × 3-azido-L-alanine, 37˚C

最も遅いのはPBS (pH 7)で0.32-0.8 M-1s-1
最も速いのはHEPESで0.55-1.22 M-1s-1
HEPESを除いてですが、高いpHで反応が促進します。

1-azido-1-deoxy-β-D-glucopyranosideの方が3-azido-L-alanineより反応が速く、これはアジドへの電子供与性置換基の導入によるもので、電子リッチなアジドで反応が速いことが知られているんですが(HOMOazide-LUMOcyclooctyne相互作用)、それと整合します。

PEGリンカーは反応速度を顕著に増進すます(31±16%アップ)。これは、水溶性が増すことに加えて立体障害の解消によるものと思われます。

そして、意外にもSPAACベースのバイオコンジュゲーションで汎用されるPBSで押し並べて反応が遅いです(みんな使ってるよね)。


お次はDBCOの抗体(トラスツズマブ)コンジュゲートとアジド(1-azido-1-deoxy-β-D-glucopyranoside, 3-azido-L-alanine)との反応で、DBCO-HerとDBCO-PEG5-HerのSPAACの反応速度をHEPES (pH 7)とPBS (pH 7)中で評価した結果です。

低分子との反応同様、PEGリンカー有り(DBCO-PEG5-Her)の方が31±16% (n=4)速いです。
1-azido-1-deoxy-β-D-glucopyranosideは3-azido-L-alanineに対して極めて高い反応速度定数を示し、HEPES中で1-azido-1-deoxy-β-D-glucopyranosideが53%速いです。

この結果は、PEGリンカーがDBCO基と抗体との距離を保つことで立体障害を最小化し、脂溶性のDBCO基が抗体に埋没するのを回避することでアジド分子への接近を容易にするためと考えられます。それから水溶性の向上も。上述した低分子(sulfo DBCO-amine)との反応における考察と同様ですね。

ハイ、それではざっくりした結論です。

SPAACはHEPESバッファーがいい。
PEGリンカーで反応促進。

以上、SPAACスーパー初心者級のテクニシャン(研究補助員)クリック反応メモでした。
クリック！、クリック！


at 0 件のコメント:

2026年1月4日日曜日

クリック！、クリック！ (SPAAC)：反応条件編 PART ONE

冬ですね。
当たり前なんですが、冬は寒いですね。
そして、寒い冬には鍋が旨いです。
で、鍋って言ったら鮟鱇が美味いわけなんですが、我が国を代表する左翼系グルメ漫画の巨頭である美味しんぼでは、まだ左翼思想を発揮していなかった超傑作時代の第二話「味で勝負！！」で鮟鱇の肝を蒸した料理(所謂、あん肝)を美食の王と謳われるフォワ・グラよりも圧倒的に美味としています。
確かにあん肝は美味しいし大好きなんですが、ボクは鮟鱇のもっと美味い食い方があると思っています。

例えば鮟鱇の肝臓の鍋です。平井にある豊田屋さんのアンキモ鍋は筆舌に尽くし難い超絶美味でした。プリン・プリンなんですよね。

あと、変化球なんですが、神田須田町のいせ源さんのあんこう鍋を食べた後に作ってもらえるおじやが最高に美味です。鮟鱇エキスマシマシです。

そして、つい先日なんですが、もっと美味い鮟鱇料理を発見しました。
あん肝生刺身です。

以下メモです↓

海鮮料理 食彩 太信 (大津港, visited Dec. 2025)
住所：茨城県北茨城市大津町北町2-5-18



-神泡のザ・プレミアム・モルツ 中ジョッキ (630 JPY)-











-お通し (250 JPYだと思う)-
-RATING- ★★★★☆
-REVIEW-
タコバター。
タコとキノコとバターのコンボが凄く美味しです。
むっちりしたタコと、キノコのツルヌルとした表面と歯を入れた際の繊維感とのコントラストがいいですね。
タコの淡白テイストとキノコの滋味フレーバーの味わいミックスも良かったです。


-あんこう刺身 (1,200 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
フワッとふっくら軟らかい身で、とっても優しい淡白な味わいが美味。
あん肝の生刺身もちょっと付いてるんだけど、プリンのような可愛らしい舌触りと口溶けで、濃密でピュアーな滋味は風味絶佳。


-あん肝生刺身 (1,580 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
薄く木の葉上にスライスされたあん肝は、レバー界のプリンですよ。そして、ピュアすぎるその滋味は、肝臓界のブリリアント・ジュエル。
舌全体にヒタっと張り付く舌触りを楽しみましょう。
「あんこう刺身」についてるあん肝の生刺身は少し厚めで細かくカットされているんですが、カットの違いで味わいに大分違いがあると思いました。
ボクは厚めで細かくカットの方が好みでした。やっぱ、厚さがある分、食感が楽しめるので。


-定番！刺身盛り合わせ 一人前 (1,590 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
お魚たちは全て大津港で揚がったもので、いなだ、こち、たちうお、かます、まとうだい、真鯛のお造りに地魚げんこつ揚げが付いてる。
いなだは凄くアッサリしてて綺麗な味(こんなの初めて)。
こちは、いなだより身の張り強めですね。
たちうおは皮が炙ってあって香ばしさが最高に美味しくて、身は軟らかく優しい味。
かますは皮にほんのり魚感(フィッシー・フレーバー)があって、この皮が美味いです。
まとうだいは、フカモチの気持ちいい食感の淡白テイスト。
真鯛は皮も身も溶けるような感覚で、淡白な旨味が蕩けて旨い(こんなの初めて)。
げんこつ揚げは魚の濃ゆい風味がしっかりあって、これを肴にビールを煽りたくなる旨さ。
 流石大津港の地場の地魚。満喫したです。



-冷酒 茨城の地酒 大観 (800 JPY)-
-RATING- ★★★☆☆
-REVIEW-
甘めで美味しい。





閑話休題


古いんですが、こんな論文を読んでみました↓
Effect of Buffer Conditions and Organic Cosolvents on the Rate of Strain-Promoted Azide-Alkyne Cycloaddition
JOC., 2016, 81, 6816-6819.

クリック反応(SPAAC)の反応条件に関する論文です。

具体的には、DIBAC-PEG4-CO2HとPEG3-azideとの反応におけるバッファーと共溶媒として使用する有機溶媒の効果についての報告です。

検討したバッファーはpH 6.5-8.0の範囲で、sodium phosphate (NaPi)、tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris)、Tris/borate/EDTA (TBE)、2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES)、3-(N-mopholino)propanesulfonic acid (MOPS)、4(2-hydroxymethyl)piperazine-1-ethanesulfonic acid (HEPES)になります。

検討結果はこちら↓

上のテーブルの結果から、DIBAC-PEG4-CO2HとPEG3-azideとのSPAACは緩衝液の組成やイオン強度(NaCl濃度)の影響をあまり受けないことが分かります。

また著者らはpHが3.5、4.5、5.5の100 mMの酢酸ナトリウム緩衝液中で反応を行うことでpHの影響を検討していて、それぞれ0.748、0.856、0.697 M-1s-1という反応速度定数を観測し、酸性領域で反応性が少し低下すると結論付けています。

次に共溶媒の及ぼす影響です。

共溶媒の効果は大きく、濃度も重要ですね。有機溶媒の濃度が70%に達すると、押し並べて反応速度が遅くなります。

検討した有機溶媒の中では濃度40%のDMSOとEtOHが良かったんですが、検討した濃度全てにおいて水溶媒より反応が速かったDMSOについてさらに細かく濃度の及ぼす効果を調べてします↓

その結果、50%と60%のDMSO濃度で速度定数1.8 M-1s-1と最速値を叩き出しています。
結論としては、ほどほどのDMSO添加がいいってことでしょうか。
(高濃度域で反応速度が減少するのは、水との水素結合を介した相互作用が失われるためらしいです)

以上、二流大出のテクニシャン(研究補助員)のクリック反応のための反応条件メモでした。
クリック！、クリック！


at 0 件のコメント:
Labels:

2026年1月2日金曜日

クリック！、クリック！ (SPAAC)：最強のシクロオクチン編

ども、鰻大好きコンキチです。
と言っても、(多分、いい鰻を食べたことないからだと思うんですが)蒲焼や白焼きが好きなんじゃなくて、お刺身(うな刺し)やシャブシャブ(うなシャブ)、燻製、肝焼きとかが好みです。
ということで、先日超久し振りに食べた鰻のお刺身のメモです↓

-うな瀬 (片瀬白田, visited Dec. 2025)-
住所：賀茂郡東伊豆町片瀬554-12

-菊正宗 (一合)(燗) (620 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
お通しは"ぬた"ですね。
極細千切り茗荷の香味が鮮烈で素晴らしです。
魚種は分かんないけど、ほんのり立ち昇るロースト・フレーバーと、しっとりした身と白身のフィッシー・テイストの滋味とのコンボが凄く美味しい。
味噌のソースはとても円やかで、自然な甘味が素材の味を引き立てます。


-うなぎ刺身(2,200 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
ふぐ刺しにも似た鬼キックで鬼淡白なその身からは、ほんのり滲み出る美味美味な脂。そして、フィニッシュには僅かな痺れ。
淡白だけど鬼ボディなので、ポン酢と紅葉おろしとに葱という布陣の薬味で大正解。
食すほどに口福が込み上げる味わいに感動しました。


-肝焼 (450 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
ドライめな仕上がりの身には、締まった旨味がふんだん。そして、苦味がクルーゥ。
透明感のあるメローな甘味のあるキリッとしたタレが美味です。
プルっしたところとか、コリュっとしたところなど、食感の起伏が楽しめるのも嬉しい。
夢中なって食べてたら、薬味の山椒掛ける前に食い尽くしてしまいました。


-地魚の握り寿司10貫 (2,760 JPY)-
-RATING- ★★★☆☆
-REVIEW-
新鮮で肉厚な地魚のお寿司一本勝負。
給仕の店員さんもちゃんと言えてなかったから、魚種はええでしょう。
烏賊は自然な感じの甘み濃厚で、ねっとり口腔内に纏わりつく感じがいいですね。
白身たちは鮮度の良さが感じられて肉厚でダイナミック。淡白な味わいの違いと食感の違いが楽しめます。
鮪は最初、「脂クドいじゃん」って思ったんですが、食べ進めていくうちに「あれ、クドくないじゃん」にイメージ・チェンジ。アッサリなトロットロというマジックな甘味。
あと、鯵系が二貫あったんですが、一方は超絶メローなのに対して、もう一方はサッパリした美味さ。どっちも美味しくて鯵食べ競べの儀は楽し旨し。
シャリは、ほんのり酸味にちょっと甘め。口に中での解れも悪くはない。
このお店はお寿司屋さんじゃないので、シャリが冷たかったり握りがちょいあまいのはご愛嬌。
生姜は薄くて辛くて良かったです。


閑話休題


古いんですが、こんな論文を読んでみました↓

Bioconjugation with Strained Alkenes and Alkynes
Accounts of Chemical Research, 2011, 44, 805-815.

SPAAC(Strain-Promoted Azide-Alkyne Cycloaddition, 歪み促進型アジド-アルキン付加環化)のお話です。

有機合成技術の進歩によって、バルクケミカルズから天然物に代表されるような複雑分子に至るまで数多の化合物を合成することが可能になりました。このような精密合成技術は素晴らしいんですが、生体分子(タンパク質、核酸、糖など)の化学修飾においては、その神通力は半減してしまい、効果的な化学変換法は非常に限定的です。
というのも生体分子を扱う反応では、水中、4-37˚C程度の反応温度で高い化学特異性を具現化することが求められるからであり、このような制約は伝統的な有機合成化学反応にはありません。
この問題に対するソリューションはというと、それは生体直交化学であり生体直交型反応です。バイオオルトゴナルな反応です。
そして、数少ない強力な威力を発揮するバイオオルトゴナルな反応の一つが歪んだ不飽和系(アルキン、アルケン)を利用した付加環化反応になります。


歪んだアルケン(オキサノルボルナジエン、シクロブテン、tras-シクロオクテン(TCO))のバイオオルトゴナルな反応は、1,3-双極子との[3+2]や[4+2]付加環化ですね。
アルケンを使った最初のバイオオルトゴナルライゲーションの応用例の一つは2007年に報告されたオキサノルボルナジエンとアジドとのタンデム付加環化-レトロDiels-Alder反応を利用したプロテイン・モディフィケーションになります。
ChemBioChem., 2007, 8, 1504-1508.

TCOの応用例としてはtrans-シクロオクテン-テトラジン付加環化反応があって、その反応速度は2000 M-1s-1と非常に速いんですが、ドローバックもあって、例えば下図のビスピリジルテトラジンは、PBS、血清、血液中では不安定で、その半減期はそれぞれ24時間、7時間、3時間と見積もられています。

そこで、アルキンです。
9員環より小さいシクロアルキンはジエンや1,3-双極子に対して高い反応性を示します。
っていうか、歪んだアルキンとアジドのクリック反応ですね。
単離可能な最も小さいシクロアルキンはシクロオクチンで、その誘導体がSPAACに広く用いられています(シクロノニン以上はパーフェクトに安定で付加環化の反応速度は中程度)。
普通のシクロオクチン類とアジドとの反応は(多分)最強バイオオルトゴナルライゲーションであるStaudinger-ligationの反応速度定数(1.2 -2.4 × 10-4 M-1s-1)を上回ることはありませんが、構造修飾(フッ素化、環のsp2ハイブリダイゼーション、縮合環形成)することによってシクロオクチンの反応性を大幅にアップさせることが可能です。こんな感じです↓

最強の反応性を誇るシクロオクチンはBARACですね。反応性の向上にベンゾフュージョンが効いているのが分かります。
生体直交型反応には高い反応性(高希釈条件下での適用)とバイオオルトゴナルな選択性が要求されるわけですが、BARACはそれらの基準を満たしているというわけですね。
しかしながら、ベンゾフュージョンにはドローバックがあります。それは、芳香環の導入によって脂溶性が上がって水への溶解性が低下することと、タンパク質との疎水性相互作用する可能性です。

そこで飽和系のシクロオクチンです。
アリール基を有するDIBO、BARAC、DIBAC (DBCO)のlogPが3.3-4.8なのに対して、飽和系のシクロオクチンは0.8-1.7と脂溶性が抑えられています。
飽和系シクロオクチンの中でDIMAC (logP 0.8)は最も脂溶性が低いんですが、反応性が低いのと、合成効率が悪い(11 steps, 5% overall yield)ので普及していません。
同様にDIFOも合成難易度が高いので普及していません(物性と反応性はいいんですけどね)。
ということで、最も広く用いられているのは4 steps, >50% overall yieldのBCNになります。
(因みに、DIFO2とDIFO3は、8-10 steps, up to 25% overall yieldです)
あと、ベンゾフュージョン系ではDIBAC (DBCO)が9 steps, >40% overall yieldと調製し易く反応性も高いのでよく使われてるんじゃないでしょうか。

結論。
最強のシクロオクチンは、BCNとDIBAC (DBCO)でキメッ！

以上、二流大出のテクニシャン(研究補助員)のクリック反応のためのシクロオクチンメモでした。
クリック！、クリック！



at 0 件のコメント:
Labels:

2025年12月21日日曜日

Raumen_Colle (ラーメンコレ) (26)

ども。寒くなってラーメンの旨さが一入な季節ですね。
正にラーメン・シーズン。
新規開拓とお気に入りショップへの再訪に張り切っていきまっしょい！
今回のラーメンメモです↓


entry 126   だーやま食堂 side 流山 (visited Oct. 2025)
住所：流山市南流山4-5-3 南流山京葉ハイツB棟 1F

だーやま食堂の店主は普段はサラリーマンをやっていて、毎週日曜日11時-15時は南流山にある『居酒屋 南風』で、 毎週月曜日18時-21時は浅草にある『たこ焼き居酒屋taco44』を間借りしてラーメン屋さんをやってるそうです。

-ラーメン (900 JPY)-
-RATING- ★★★★☆
-REVIEW-
昔ながらの中華ぞば(醤油ラーメン)的フェイス。
で、実際そんな感じの醤油ラーメンなんだけど、洗練されてる。 スープはあっさり醤油で旨味がしっかりあるのがいいですね。
表層に浮かんだ油の効果なんでしょうか、ファッティー感が軽く付与されてる気がします。
チリチリの縮れ麺は、異味なく軽く旨味があるけどあっさりスープを邪魔しない。特筆すべきは、口に中で最高に踊る踊る。マジで踊る。その感触はちょっと神っていてかなり楽しい。
洗練系の美味しい醤油ラーメンだとは思うんですが、多分、それだけじゃ完食するまでに飽きると思うんですよね。
そこで、チャーシューです。軟らかくてホロホロで繊維感と脂もあってマイルドな獣フレーバーが、あっさりラーメンのそこはかとない物足りなさをしっかり補完しています、しかも、三枚も入ってる。
その他の具は、海苔、ホウレン草(だと思う)、メンマ、葱。
メンマが程よいしなやかさと自然な味わいでいいと思いました。


entry 127   だーやま食堂 side 浅草 (visited Oct. 2025)
住所：台東区浅草2-26-5 SDSビル 101

-釜玉風まぜそば (800 JPY)-
-RATING- ★★★☆☆
-REVIEW-
ゴリゴリのフェイスのまぜそばからは、黒胡椒のシャープないい香り。
卵黄を潰してよくかき混ぜると、和風出汁と醤油テイストのマイルドなタレが出来上がります。
麺は見たまんまにコシが強く、ラーメンとかまぜそばとか言うより饂飩ですね。良くできたコシの強い美味しい饂飩。
具は、葱と刻みチャーシュー。
チャーシューは流山で食べたのと同じでマイルド美味い。
全体的に味は悪くないと思うんだけど、ゴリゴリの麺感が強すぎてもっと汁気が欲しくなる。 ボク的には、あっさり和風出汁のツユでリアル饂飩として食べたいと思いました。


entry 128   美華園 新橋店 (visited Oct. 2025)
住所：港区新橋2丁目東口地下街1号 ウィング新橋

-秋茄子と豚挽き肉のピリ辛麺 (サービスライス付き) (1,500 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
兎に角茄子が美味い。フィレッシュ感マックスハートです。この新鮮(に違いないと思う)な茄子は、バランス取れた甘味・酸味・辛味の中華テイストを纏っていて、これがベースのアッサリ美味しいスープにいい感じに溶け混じり合い極楽パラダイスな美味しさ。
スープも茄子も食感良くライトな旨みのある麺に合ってる。
教訓：秋茄子はラーメン合う。



entry 129   麺屋あじくま 初石本店 (初石, visited Nov. 2025)
住所：流山市西初石3-98-22 本山ビル1F

-生ビール (アサヒスーパードライ) (600 JPY)-


-赤ラーメン (1,080 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
細麺と太麺のどちらかを選ぶスタイル。
で、細麺をぜセレクト。
ライトな担々ライクなスープが美味い。
濃過ぎない程よいコク、甘味、白胡麻の香味、シックなラー油の辛味、これらのミックスが形造る分かり易い旨さが素晴らしいですね。
そして、縮れた細麺が口の中で楽しく踊る踊る。自己主張するような味をなく、美味いスープを味わうに最適。
具は、チャーシュー、メンマ、カイワレ。
チャーシューは全体的に綺麗なファッテー感を纏っていて、気持ちいい軟らかさでソフト・メローな肉感。
メンマは先っぽはトロっと根元はやわゴリで、味付けも良くてかなりいい。
あと、やっぱスープが旨いですね。


entry 130   TOKYO豚骨BASE MADE by 博多一風堂 (visited Dec. 2025)

-BLACK豚骨 (1,000 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
スープの表層を覆うのは黒色の油(香油)でしょうか。
その香油は、お醤油の香味、胡椒、ニンニクがガツンと効いたどストレートなジャンクな味わいトッピングといった感じで、こういうのたまにはいいなって思いました。


過去のラーメンメモはこちら↓


at 0 件のコメント:
Labels:
登録: コメント (Atom)