時代はウィズ・コロナ。居酒屋が大分ご無沙汰で寂しいので、過去の想い出をメモしてみます。
コロナ禍では敷居の高い、アメ横ガード下のキャッシュオンデリバリーのお店です。
住所：台東区上野6-9-14
-ビール (大瓶) (410 JPY)-
アサヒ スーパードライ。
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
マイルドなチゲテイストで、ニンニクのばっちり効いた肉豆腐。
お豆腐は絹。
お肉は豚バラでしょうか？
チゲ、ニンニク、肉、お豆腐のコンボで不味いわけがない！
もう、ちょっとした鍋ですよ。
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
豚の白モツの白味噌仕立てでしょうか。
スープは鳥白湯を想わせるマイルド＆クリーミーな滋味豊かなあっさりテイスト。
モツはとっても軟らかくて、クセの無い優しい味でスープとベストマッチ！
これは相当旨いネ。 東京五大煮込みに加えたいレヴェル。
-RATING- ★★★☆☆
-REVIEW-
普通においしい。
-RATING- ★★★☆☆
-REVIEW-
甘くなくてキリッとしている。
硬派。
氷リッチ。
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
塩をセレクト。
しっかりした噛みごたえ。無駄な硬さがない。
脂は多過ぎず、締まった肉感がリッチで、肉の旨味が強く滲み出る。
塩振りはいい塩梅。
カラシとの相性も最高。
かなりクオリティ高い。
-RATING- ★★★★☆
-REVIEW-
いい塩梅に締まっていて美味しい。
もう少し身が軟らかければ言うことなし。
-RATING- ★★☆☆☆
-REVIEW-
一升瓶に入ったすだち果汁（？）を注いでいた。
ちょっと甘くて、少し安っぽい味。
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
塩をセレクト。
レア感(内部にパテ感)があって、塩の効かせ方が必要十分。
これは旨いわ。
-シロ串焼 2本 (220 JPY)-
-RATING- ★★★★☆
-REVIEW-
塩をセレクト。
弾力リッチな部分と(主に外側の)少し焦げたパリッとした食感とのコントラストに加えて、滲み出る脂感が素晴らしい。
ただ、塩がキツ過ぎだった。これだけが残念。
塩のバランス良ければ文句なく満点の味。
-立飲みカドクラ (visited Mar. 2019.)-
住所：台東区上野6-13-1 フォーラム味ビル1F
漢字で「火土蔵」らしいですね。
-酎ハイ (250 JPY)-
甘くなくてスッキリしててイイネ。
-RATING- ★★★★☆
-REVIEW-
マイルドであっさりした優しい味噌テイスト。
もつは軟らかく、少しソリッド(solid)な乾いた食感。
クセの無い味でとても美味しい。
これで150円はヤヴァイね。
(たきおかの方がリッチ&メローで濃厚な味わい)。
-RATING- ★★★☆☆
-REVIEW-
脂ぎってないので天然かな？だけど、しっとり感は無い。
大きめに繊維が剥がれていくような張りのあり食感で、けっこうあっさりしている。
まあ旨いね。
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
胡瓜の浅漬けは普通。 人参は薄味で人参の良さが良く出ている。微妙に残ったケミカル・フレーバー(chemical flavor)が絶妙。 そして、コリッとした食感が堪らない。
大根の甘酢漬けと蕪の甘酢漬けは、ベタついたところが無くて、良い塩梅の薄化粧テイスト。大根はシャクシャクっとして軟らかく、蕪は可愛らしい食感に仕上がっていて、とても旨い！
閑話休題
時代はニューモダリティ。前回のメモの続きでホスホロアミダイト法で副生する(微量)不純物のお話です。
今回は下の「2」、「3」、「4」についてメモっていきます。
1. chloral adducts (trichloroacetaldehyde modified oligonucleotides, トリクロロアルデヒド反応物)
2. DMTr adducts (4,4'-dimethoxytrytyl-C-phosphonate, C-ホスホネート体)
3. acrylonitrile adducts (シアノエチル付加体)
4. isobutyryl adducts
5. short deletion sequences (shortmer, ヌクレオチド欠損体)
6. phosphodiester analogs (PS→PO変化体)
7. 3'-terminal phosphorothioate monoesters
8. phosphorothioate oligonucleotides as impurities in oligonucleotide dithioates
9. lomgmers (ダブルカップリング)
10. depurinated oligonucleotides and formation of apurinic site (脱プリン体)
11. deaminated oligonucleotides (deamination, 脱アミノ化)
12. methylamine adducts (メチルアミン付加体)
13. solid support由来の不純物
2. DMTr adducts (4,4'-dimethoxytrytyl-C-phosphonate, C-ホスホネート体)
亜リン酸結合を酸化または酸化的にチオ化する際に反応が不十分だと、未反応のPhosphite Triester(亜リン酸基)が続く脱トリチル工程で脱離したジメトキシトリチル(DMTr)カチオンと反応(Arbuzov type reaction)してC-ホスホネート体が副生することがあります。
Bioorag. Med. Chem. Lett., 2004, 14, 4683-4690.
トリチルカチオンが付加して生成したホスホニウムイオンが結合aで開裂するとDMT-C-phosphonate di-esterが副生し、結合bで開裂するとDMT-C-phosphonate mono-esterが副生するってことですね。
3. acrylonitrile adducts (シアノエチル付加体)
ホスホロアミダイト法による固相合成では、伸長させたオリゴ核酸をアンモノリシスによって担体から切り出しますが、一緒に核酸塩基の保護基とシアノエチル基の脱保護も行います。
この時にアクリロニトリルがβ-脱離して生成します。そして、チミジンのチミン塩基とのマイケルタイプの反応によってアルキル化(シアノエチル化)が進行することがあります。アクリロニトリルはアデニンやシチジンとも反応しますが、チミジンとの反応が圧倒的に速いです(チミジン残基の酸性度が高いことと、シチジンはベンゾイル保護されているので、保護基が掛かっている状態ではアクリロニトリルとは反応しない)(Org. Process Res. Dev., 2003, 7, 832-838.)。
ただこの副反応には抑制法が存在して、アンモノリシスによる脱サポート・脱保護の前にトリエチルアミンやジエチルアミンで処理してシアノエチル基を除去してやれば、チミン塩基に先んじてアクリロニトリルをキャプチャーしてくれます(多分、ジエチルアミンの方がスタンダードなんじゃないかと思います)。
因みに、脱サポート・脱保護のプロセスは、まず脱サポートが起こり、加熱することで塩基の保護基とシアノエチル基が外れるらしいですね(使う固相担体にもよるかもだけど)。
4. isobutyryl adducts
脱保護するときなんですが、ベンゾイル保護されたアデニンやシトシンはアンモニア水溶液でサクっと脱保護されるのですが、イソブチリル保護されたグアニンははずれ(加水分解され)にくいです。なので、脱保護条件がキマってないとグアニンのイソブチリル基が残存することがあるようなので気を付けましょう。
以上、ニューモダリティに置いてけぼりくらってクビになりたくない、二流大出のテクニシャン(研究補助員)のオリゴ核酸スーパー初心者級メモ「その2」でした。
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