2022年12月28日水曜日

バカは自分がバカであることに気づいていない。なぜならバカだから。

お蕎麦大好き。ラーメン大好き。要は麺類大好きコンキチです。
三軒茶屋にちゃんぽんを食べに行ったときのメモです。

-長崎 (visited May 2022)-
住所:世田谷区三軒茶屋2-15-1 

-長崎ちゃんぽん (800 JPY)- 
-RATING- ★★★☆☆
-REVIEW- 
スープは塩テイストチッチで、所謂ちゃんぽん様の風味は薄い。 
平打ち気味の麺のコシは皆無でフニャフニャ。
正直、ボクが知ってるちゃんぽんじゃない。 
はっきり言って、スープも麺もいまいちなんだけど、両者の弱-弱のバランス感が良い。
このちょい貧弱スープにアルデンテのちゃんぽん麺だったら合わないと思うんだよね。 
具は、豚肉、キャベツ、もやし、海老、烏賊、木耳、薩摩揚げ、浅蜊、蒲鉾とたっぷり(これは嬉しい)。


閑話休題


ボクが愛読している橘玲さんの本「バカと無知」の備忘録(感想メモ)です。
本書は「言ってはいけない」、「もっと言ってはいけない」に続く"シリーズ"の続編に位置付けられるんだろいうと思います(三部作?)。
刺激的なタイトル通り、パブリックなシチュエーションで話したら眉をひそめられるような内容ですが、それだけに的を射た内容なんじゃないかと思います。

では雑感です↓

(1) 進化適応環境的に人間はネガティブニュースにセンシティブ。
原始時代は猛獣とかの外敵の脅威にさらされていて、楽観野郎はあっという間にやられてしまうので、人はネガティブなニュース(殺人、不祥事、戦争etc.)に興味津々なのです。
チープなワイドショーがなくならないのは、こんな事情があるんでしょうね。

(2) "正義"はエンターテインメント
人間は上位者に正義の鉄槌をくだして追い落とし、下位の者にマウントとるのがお好き。これは、集団内での地位や性愛を確保するために必要な特性なので仕方ないのですが、性格悪いですね。 
有名人の不祥事批判を簡便に出来るスマホ(SNS)はインスタントな快楽製造機なわけで、まさに正義マン必携のインターネット・マシーンになっています。 

(3) ボランティアはマウントのテクノロジー
ボランティアを施す人は、ボランティアを受ける人に対して上位になるので、実質マウントしているのと同じです。
特にファションでボランティアしている人はマウントとって気持ちよくなりたいだけなのかもしれませんね。

(4) ポリコレ棒、ブンブン
巷で言われているポリコレは、本来意味すものではなくてキャンセルカルチャーになっていて、ポリコレ棒振るいすぎて生き辛くなるらしいです。バカ過ぎる。 
生物学的性差さえも認めないのが、(間違った)リベラルであり(間違った)ポリコレなんだけど、これが主流派のようで、生物学的に男性の選手が女子の大会に出場して無双するとか終わってます(https://finders.me/articles.php?id=2468)。
その割には性差に由来する残滓が残りまくりです、看護師とか肉体(体力)差を伴わない男女別競技(女流なんたら)とか。
それから、あらゆる社会で殺人犯は圧倒的に男性が多いそうです。

あと、 シリコンバレーの企業では、黒人やヒスパニックの従業員が少ないんだそうです。
さらに、黒人でも「黒人=危険」のステレオタイプをもつといいます。
このことは、人種間で知能に差があることを示唆していると思うんだけど、知能の差異に言及するのはポリコレ的に超絶ご法度です。仕方ない。でも、人種間の身体能力の差異に言及するのはオールオッケーなのは不思議です。 

(5) ダニング=クルーガー効果
バカは自分がバカであることに気づいていないそうです。なぜならバカだから (ダニング=クルーガー効果) 。痺れますね。
そして、賢い人はバカの過大評価に引きずられて間違った選択をしてしまう (平均効果) というから恐ろしいです。そして、ボクも多分バカ。 
イノベーションで重要なのは、多様性のある高い知能をもつ者たち。要は、バカは排除しなければいけないのです。

(6) ネトウヨ
ネトウヨは「日本人」であることしか誇れるものがないんですってね。寂しい人たちなんですね。ヨシヨシ。

(7) いじめ
いじめ問題の本質は、学校という逃げ場のない空間に同世代の子供達を監禁するという、進化の歴史ではあり得ない「異常な文化」が原因だとか。救えない。そして無くならない。 
いじめ問題は古典的な問題なんだけど、全然なくならないし、教師や教育委員会は力一杯隠蔽したり、存在しないことにしようとしてますね。学校空間において"いじめ"は絶対にあってはならないものなので、そうなるのでしょう。そもそも、いじめ問題を明らかにしても、「お前の監視下でいじめ起きたからマイナス・ポイントな」って感じで評価下がりそうで、インセンティブ働かなさそうです。
まぁ、大人の世界でも"いじめ"があるんだから、子供に"いじめ"ゼロを課すのは無理なんじゃないでしょうか?
"いじめ"が起こるのを前提とした制度設計が必要と思いますね。

 (8) 現代社会は知能によって分断されつつある
差別の本質は人種や民族のちがいではなく、"しるし"によるカテゴリー化。要は、オレたちか、オマエらか。そして、現代社会は知能によって分断されつつある。仕方ない。 
アメリカの分断もシリコンバレー vs. ラストベルト的な雰囲気を醸し出しているし、まぁ、なるようになるしかないですね。

(9) お金は大事だよぉ。
お金があれば煩瑣な仕来りを気にしなくてもよくなり(ベタな人間関係からの解放)、快適な自由を謳歌できるわけです。 ボクは社会不適合者なので、よくわかります。 
なので、コミュ障・陰キャな人は、頑張って勉強して、いい大学に入学して、いい会社に入社してお金を稼ぎましょう。
それから、職場の構成員の知的レベルも重要と思います。
ボクは三ヶ月くらい工場で働いたことがあるけど、休憩時間とかの話題がパチンコとか風俗(ソープランド)とか下世話な噂話とかが多いです。ボクも下ネタや他人の噂話は嫌いじゃないけど、辟易するレベルでしたね。
一応、ボクは研究やってるので周囲の人たちはほぼほぼ院卒(博士、修士)です。みんな道理が分かってるので、かなり平和な会社生活を送れています。モンスターな客と接する機会がないのも嬉しいですし、業者の人も丁寧に接してくれるのでいい感じです。
要は、勉強を頑張っていい会社に就職すると、職場にヤヴァイ人が存在する確率が激減すると思うんですよね(ボクの場合は、それほど勉強は頑張らなかったし、二流大にしか受かんなかったし、運がよかったですね)。

(10) 道徳の貯金箱
人間には道徳の貯金箱があって、善行をした後はちょっとぐらい悪いことしてもいんじゃね?という気持ちになり、逆に悪行の後は良いことをしようと思うそうです。
善行は貯金、悪行は借金なわけです。
返報生に似ていますね。


以上、過去作と重複する内容もけっこうありますが、徒然なるままに書籍「バカと無知」のボクの琴線ポイントを列挙し、ちょっとだけ独断と偏見に満ちた感想を書いてみました。
どうですか皆さん。人間に心根って全然清らかじゃないでしょ。
仮に清い心があったとして、それは自分自信に酔ってるだけのオナニーなんだろうと思います。
何はともあれ、ボクも含めた世界中のおバカさんに幸あれ!

 

2022年12月18日日曜日

水はなぜ加熱されるのか?(マイクロ波スーパー初級者編)

ども、外食大好き星人のコンキチです。
浅草は国際通り沿いにある天麩羅屋さんに行ったときのメモです。
西浅草近くまで来ると、観光客が少なくていいですね。
(ぶっちゃけ、浅草はおのぼりさんをターゲッティングしたお店があると思います。例えば、「うますぎて申訳ないス!」なお店とか)

-天婦羅 多から家 (visited Jun. 2022)-

住所:台東区浅草1-11-6 

-ビール 中瓶 (アサヒ スーパードライ) (500 JPY)- 


-天婦羅 A (1,600 JPY)- 
-RATING- ★★★★★
-REVIEW- 
かきあげ1、えび2、山芋、梅じその天婦羅盛合せ。 
アツアツで、サクッとした薄衣で、時間が経過しても衣に油が回らず、サクサク感を維持し続けている。 
天ツユは甘めの蕎麦つゆ様な味。 
天タネは何れも美味。
山芋の食感がホント堪らなく素晴らしく、熱をしっかり纏った山芋の旨いこと。
かき揚げは(多分)芝海老と烏賊たっぷりで、内部はクリーミーで、外側の衣はサクサク。プリプリででシャクシャクでフレッシュな海老と、熱量を保持したアツアツの烏賊が淡白な旨味のコンボが最高に美味しい(全く烏賊くささが無いです)。
 油はいい匂いで甘い(ほんの僅かに油の重さを感じる)。


閑話休題


なんとも意味不明なタイトルですが、今回はマイクロ波のお話です。
我々ケミストにとってマイクロ波といえば電子レンジ(モレシーとかチンするし)であって”マイクロ波化学”なわけです。
で、マイクロ波化学をケミストが贔屓目で見ると、半分化学で半分物理だと思います。
そう、多くのケミストが苦手な、あの”物理”がそのベースにガッツリと存在します。

正直、ボクみたいな半端なケミストは、「マイクロ波=サクッと加熱できればいいよね」っていう軽いノリの認識なのではないでしょうか?
要は、マイクロ波のこと全然分かってないです。

ということで、今回はマイクロ波の加熱対象として最もポピュラーな物質の一つである"お水(water)"を題材にして、マイクロ波の(多分、初歩的な)物理学的側面をフィーチャーしようと思います。

純粋な水をレンチンする機会あまり多くないかもしれませんが、水をたっぷり含む食品を良く加熱します。スープとかご飯とか冷凍食品とか冷凍食品とか凍らせたご飯とか凍らせたお肉とか。
で皆さんは、冷凍食品とか凍ったご飯やお肉とかをレンチンした時に、解凍を失敗したことはありませんか?
具体的には、早く解凍しようと思って出力を上げてチンしたら、部分的に凍っていたり、部分的に煮えていたりと、いい感じに温まらない現象が起きたりしてませんか?
こうした事象が発生するのは、電子レンジで使われている周波数2.45 GHzのマイクロ波では、(液体の)水は加熱できますが、(純粋な)氷はほぼほぼ加熱できないからです(因みに、水蒸気も加熱できません)。
電子レンジによる凍った食品の加熱様式は、外周の氷が少し溶けて生じた水をマイクロ波で加熱し、その熱の伝熱によって周囲の氷を溶かし、溶けた氷=水が加熱され......といったサイクルで"あたため"が進んでいくのでしょう。なので、出力を弱めてゆっくり処理しなければいけません。
せっかちモード(高出力・短時間)で処理すると、温められた水の伝熱が十分に進まず、僅かに溶けた水部分のみが選択的に加熱されるのです。

ハイ、それでは冷凍食品解凍失敗事例に見られる水と氷の加熱について、もうちょっとサイエンティフィックな視座から考えてみましょう。

マイクロ波の加熱モードには次の三つがあると考えられています

(1) 誘電加熱:誘電損失による。電気双極子モーメントを持った誘電体の加熱(液体、固体に関わらない)。
(2) 磁性加熱:磁性損失による。磁性を有した試料や導電性試料の加熱(液体のほとんどは磁性をも持たないが、磁場由来の渦電流により電解質溶液は間接的に加熱される)。
(3) ジュール加熱:導電率由来。電解質溶液や導電性試料の加熱。

つまり、マイクロ波による加熱の効率は、誘電損失、磁性損失、導電率によって決定されます。そして、水を加熱する場合に最も重要なのは誘電加熱のようで、誘電損失を理解することが加熱のメカニズムを理解するのに必要です。

誘電体にマイクロ波の電場が印加されると、電気双極子が回転して電場の向きと平行になろうとします(配向分極)。電場の揺さぶりに沿って同調しようとするわけですね。しかし、実際にはマイクロ波の電場の振動と分極の発生との間に時間差が生じます。我が国で加熱に使用される周波数2.45 GHzのマイクロ波は1秒間に24.5億回振動するんですが、分子の電気双極子モーメントは周囲の分子との束縛によりこの振動に追従できません。で、この遅れがエネルギーの損失として熱に変わるんですね。

よくマイクロ波によって分子が振動して加熱される的なことを言っている人がいますが、マイクロ波の振動に対する遅れが熱に変わるんですね。

ちなみに、(純粋な)氷がほぼほぼ加熱されないのは、水素結合により強固な結晶構造が構築されているため分子が動かないからです。

以上、二流大出のテクニシャン(研究補助員)のマイクロ波化学スーパー初心者級の"水はなぜ加熱されるのか?"メモでした。
これで、あなたも今日から凍った食材の解凍職人ですね。


2022年11月1日火曜日

完全化学合成でRNA作ってみました (名古屋大学)

ちょっと苦手な渋谷に行ったときに購入したMOONSWATCHです↓


スウォッチを買うのは二十数年振りです。
やっぱスウォッチの魅力は(プラスチックバイオセラミック製の)チープな質感ですよね。堪らないです。そして、軽い。それでいてスピマスのフェイスは最高の玩具ですね。


閑話休題


新型コロナウィルスのワクチン打ってますかぁー?
ボクは打ってます。
モデルナ製を3回打っていて、今度はBioNTechの二価ワクチンで交差接種です。
(上市されれば第一三共の国産mRNAワクチンを人柱になる覚悟で打ちたいのですが.....)

とまあ世間でメッチャ流行ってるmRNAに関する文献を読んでみました(けっこう前に出たヤツだけど)↓

Complete Chemical Synthesis of Minimal Messenger RNA by Efficient Chemical Capping Reaction
ACS Chem. Biol., 2022, 17, 1308-1314.

107残基のmRNAを完全化学合成したというお話です。

核酸創薬全般で言われていることだと思うけど、安定性や翻訳性能向上の観点から化学修飾が重要な役割を果たします。生物学的なアプローチでは修飾核酸の調製は難しいので、完全化学合成という手法は価値が高いと思います。

さて、今回のお題のmRNAなんですが、真核生物(細胞核を持っている生物)のmRNAは5'末端にキャップ(Cap)と呼ばれる構造と、3'末端にpoly-A (polyadenosine)を有しています。
キャップはmRNAの成熟と翻訳を促進し安定性を高める役割があって、7-メチルグアノシンの 5'位が第一ヌクレオシドの 5'位に三リン酸基を介して結合した修飾構造(m7GpppN)をもちます。

RNA鎖の5'-末端へのキャップ構造の導入は重要なプロセスで、化学的キャップ化法は修飾mRNAの調製に決定的に重要なんですが実用的な合成法は報告されておらず、その開発は停滞しているようです。

で今回、著者らは迅速かつ定量的に進行するRNAの化学的キャップ化反応を開発したということです↓

ちなみに、5'末端側から1〜2残基のヌクレオシドの2'位の水酸基をメチル化すると(この辺が修飾部位)翻訳活性が増すそうで、実際、著者らの合成した修飾mRNAは天然型をはるかに上回る翻訳能が確認されました。

ウン、素晴らしい成果ですねと言いたいところだけど、気になるところがあります。

Supporting Informationを見てみると、mRNAの5'-リン酸基へのキャップ (m7GDP)の導入反応の試薬のモル比は(ボクの計算が間違っていなければ)、

5'-phosphorylated RNA : Im-m7GDP : 1-methylimidazole 
= 1 : 1000 : 1000〜100000

なんですけど、試薬の当量数どんだけ〜

19残基の5′-p-Gm-Am-ACGUGCGAAAGUCCACA-3′(100 pmolスケール)を使ってキャッピングの最適化してるんですが、ボクの読解力が低いせいか最適条件の明確な記述は見当たらなかったです(本文でもoptimalな収率が89%なのか94%なのかがボクの貧弱な理解力だと分かりませんでした)。

あと、107残基のRNAの合成は自動合成機で合成してるんだけど、カップリング工程のアミダイト試薬の濃度と化学量論量が分かんないし、5'末端のリン酸化に使った試薬は書いてなくって、収率も分からないです。

それから著者らが合成した107残基のRNAはキャッピング反応中に分解していくそうで、キャピング効率と残存するRNAを示したグラフが下図になります。


ここで、キャピング効率(Capping efficiency)が何を示しているのか分かりませんが、転化率だとすると反応収率や単離収率は60%に満たない気がするんですが、どうなんですかね?

門外漢なのでよくわかんないんだけど、オリゴ核酸合成の世界では合成のディティールってこんなチープ簡素でいいのでしょうか?個人的には、ちょっとあり得ない残念なレベルに感じました。

素人考えだけど、塩基長107のオリゴ核酸なんて実製造(上市)を考えた場合コスト的に見合うとは思えないけど、アカデミア・ユースでは十分実用的な合成法なんだろうと思いました。

以上、mRNA合成は道険しと思った二流大出のテクニシャン(研究補助員) のmRNA完全化学合成メモでした。

 

2022年10月29日土曜日

スーパー初心者のためのオリゴ核酸合成入門 (不純物編) (5):脱アミノ化とかメチルアミン付加体とか固相担体由来の不純物とか

ども、東京駅のグランスタ大好き中年のコンキチです。
駅ナカのキング・オブ・キングス「グランスタ」にも入ってる「はせがわ酒店」を超絶久しぶりに訪問したときのメモです。

-はせがわ酒店 GranSta東京店 (visited Jun. 2022)-

住所:千代田区丸の内1-9-1 JR東京駅構内B1 https://www.hasegawasaketen.com/shop.html#gransta 

-どぶろく DOBUROKU (550 JPY)- 
-RATING- ★★★★★
-REVIEW- 
併設する「東京駅酒造場」で三段仕込みで醸したどぶろく。Alc. 7%。
甘酸っぱい香りが仄かに漂う。 上品な甘味と酸味で、スレンダーな飲み口。 きめ細かい舌触り。しっかりしたbodyで、さらっとしている。 芳醇淡麗。 べたついていない。 綺麗な味わいのどぶろくだよ。

-ワインらっきょう (220 JPY)- 
-RATING- ★★★★★
-REVIEW- 
日光ろばたづけ製造本舗のワインらっきょう(化学調味料不使用)。
甘酸っぱくて、とっても美味しい。 フレッシュだし。
日本酒にもワインにも最高のアテ。


-タケダワイナリーブラン 2021 TAKEDA WINERY Blanc 2021 (550 JPY)- 
-RATING- ★★★★★
-REVEW- 
セパージュはデラウェアとマスカット・ベリーA(山形県産ぶどう100%使用)。
スッキリした酸味とストロベリーの甘い香味。 ホント可愛らしい香味。 酸味はしっかり。ストロベリーの余韻が楽しい。 マスカットベリー好きなんだよな。
 

閑話休題


時代は核酸医薬。ホスホロアミダイト法で副生する(微量)不純物のメモの続きです。

これまでのメモはこちら↓



それでは今回(一応、最終回)は下の「11」「12」「13」についてメモっていきます。

1.   chloral adducts (trichloroacetaldehyde modified oligonucleotides, トリクロロアルデヒド反応物)
2.   DMTr adducts (4,4'-dimethoxytrytyl-C-phosphonate, C-ホスホネート体)
3.   acrylonitrile adducts (シアノエチル付加体)
4.   isobutyryl adducts
5.   short deletion sequences (shortmer, ヌクレオチド欠損体)
6.   phosphodiester analogs (PS→PO変化体)
7.   3'-terminal phosphorothioate monoesters
8.   phosphorothioate oligonucleotides as impurities in oligonucleotide dithioates
9.   lomgmers (ダブルカップリング)
10.   depurinated oligonucleotides and formation of apurinic site (脱プリン体)
11.   deaminated oligonucleotides (deamination, 脱アミノ化)
12.   methylamine adducts (メチルアミン付加体)
13.   solid support由来の不純物


11.   deaminated oligonucleotides (deamination, 脱アミノ化)

脱アミノ化はシトシンで問題になって、樹脂からの切り出し&脱保護時に起こると言われています(高いpHと熱が加速)。
加水分解されてシトシン→ウラシルになるので、"+1 Da"大きい質量の不純物が副生します。
(核酸塩基の中で、シトシンは酸性、中性、塩基性条件下で最も加水分解されやすいです)

J. Org. Chem.200570, 7841-7845.


12.   methylamine adducts (メチルアミン付加体)

N-Bz基で保護されたシトシン塩基を含むオリゴ ヌクレオチドをメチルアミン水溶液を用いて固相担体からの切り出すと、シトシン塩基のアミノ基がメチル アミノ基に変換した不純物を生成(トランスアミノ化)することが知られています。
副生成物は"+14 Da"の質量数になります。


13.   solid support由来の不純物

longmerの項目で軽く触れましたが、full-lengthのオリゴヌクレオチドから枝分かれした不純物が副生することが分かっています。

full-length oligonucleotides containing branched impurity

この不純物はアデノシンがpre-loadされた固相担体特有の副反応らしいです。
下記スキームに示されるデオキシアデノシンがpre-loadされた担体を使用した場合、(多分、最初の脱トリチル化の際に)保護基(N-Bz基)の外れたアデニンのアミノ基が、続くカップリング工程でアミダイト試薬と反応し枝分かれした不純物が副生します。


で、このような副反応はnon-nucleotide linkerを使えば回避できます。例えば、こんな感じの↓(Bioorganic and Medicinal Chmistry Letters200616, 607-614.)

あと、この手のnon-nucleotide linkerはnucleotide-loaded supportと比較して大スケール向きだといいます。

さらに固相担体由来の不純物をもう一つ↓

Tetrahedron, 2021, 92, 132261.

リンカーの種類や担体からの切り出し条件によっては、担体の除去が途中で止まってしまい、リンカー部分が結合した不純物が残存してしまうことがあるようです。


ハイ。5回に渡ってオリゴ核酸(主にオリゴDNA)合成における代表的な微量不純物の副生についてメモいてきましたが、他にも副生成物はあるわけで、今後もキャッチアップして行きたい次第です。

以上、核酸創薬はお金の匂いがすると思う、二流大出のテクニシャン(研究補助員)のオリゴ核酸スーパー初心者級メモ「その5」でした。

 

2022年10月23日日曜日

スーパー初心者のためのオリゴ核酸合成入門 (不純物編) (4):ホスホロチオアートとかロングマーとか脱プリン体とか

先日、渋谷より苦手な新宿に行ってきました。
新宿と言えば、紀伊国屋書店(本店)。
学生時代、新宿紀伊国屋に専門書を漁りに出かけたものですが、その折は紀伊国屋書店新宿店地下1Fの洋食(だけじゃない)ショップの珈穂音で昼飯を食べたものです。
社会に出てからも何度か食べに行ったです。

現在は諸事情により紀伊国屋地下から居を移して営業しているんですが、今回、移転後初"珈穂音"したのでメモします。

-珈穂音 (visited Aug. 2022)-
住所:新宿区新宿3-22-12 新宿サンパーク本館5階(三平) 

-寒さば焼き定食 (1,000 JPY)- 
-RATING- ★★★★★
-REVIEW- 
鯖がとっても香ばしい! 
軟らかくしなやかな張りと弾力。味付けのお塩は控えめで、綺麗な旨味リッチな味わいが引き立つ。綺麗な脂がたっぷりのってるし。さらに、皮はパリッとしていてとても旨い。 
あと、レモンと良く合うんだよね。で、搾って直ぐ食べるのが正解(旨過ぎる)。 お醤油と大根で味変を楽しむのもヨシ。
これでたったの千円ポッキリでコスパ超絶高し。


閑話休題


時代はニューモダリティ。ホスホロアミダイト法で副生する(微量)不純物のメモの続きです。

これまでのメモはこちら↓


それでは今回は下の「8」「9」「10」についてメモっていきます。

1.   chloral adducts (trichloroacetaldehyde modified oligonucleotides, トリクロロアルデヒド反応物)
2.   DMTr adducts (4,4'-dimethoxytrytyl-C-phosphonate, C-ホスホネート体)
3.   acrylonitrile adducts (シアノエチル付加体)
4.   isobutyryl adducts
5.   short deletion sequences (shortmer, ヌクレオチド欠損体)
6.   phosphodiester analogs (PS→PO変化体)
7.   3'-terminal phosphorothioate monoesters
8.   phosphorothioate oligonucleotides as impurities in oligonucleotide dithioates
9.   lomgmers (ダブルカップリング)
10.   depurinated oligonucleotides and formation of apurinic site (脱プリン体)
11.   deaminated oligonucleotides (deamination, 脱アミノ化)
12.   methylamine adducts (メチルアミン付加体)
13.   solid support由来の不純物


8.   phosphorothioate oligonucleotides as impurities in oligonucleotide dithioates

ジチオホスフェート(PS2オリゴ)がターゲットの場合、ヌクレオシド間を連結するリン酸基がS化不足のPSオリゴ(ホスホロチオアート)が不純物となるという話です。PS2オリゴとPSオリゴの分離にはSAX(Strong Anion Exchange)-LCが有効なようです。


9.   lomgmers (ダブルカップリング)

schematic image

n+1, n+2といったロングマーは1回のカップリング工程でダブルカップリングなどが起こって副生します。ちょっと酸性なので、少量ジメトキシトリチル基が外れるんですね。で、外れたところがアミダイトともう一回反応してしまいロングマーが生成するのです。ホスホロアミダイトと固相担体の接触時間が増えるほど、用いる活性化剤の酸性度が増すほどロングマーの副生が増加します。また、T < dC < dA < dGの順でロングマーが出来やすいそうです(Tetrahedron Lett., 1997, 38, 3875-3878.)
一般論として、カップリング効率が100%にならないので、(n-1)-mer > (n+1)-merとなるようです。
あと、ロングマーにはfull-lengthオリゴの塩基から枝分かれしたものや(Biooraganic and Medicinal Chmistry Letters200616, 607-614.)、3'-位の水酸基で分岐したものもあるそうですね。
full-length oligonucleotides containing branched impurities


10.   depurinated oligonucleotides and formation of apurinic site (脱プリン体)

DNAオリゴヌクレオチドのプリン塩基は酸性条件下で加水分解を受けやすく、ブリン塩基が脱離した脱プリン体が副生することがあります。アデニンが脱離すると117Da小さい質量の化合物が、グアニンが脱離すると133Da小さい質量の化合物が副生します(脱ピリミジン化は脱プリンよりも起こりにくい)。
あと、二本鎖よりも一本鎖の方が脱プリンしやすく、内部よりも末端で起こりやすいようです。
それから質量分析の注意点なんですが、例えばデオキシアデノシンが組み込まれたオリゴ核酸を分析した場合、135.13Da小さいスペクトルが観測される場合がありますが、これはイオン化の際のフラグメンテーション由来ということのようなので覚えておきましょう。

それから、脱プリンした後に続くapurinic siteで起こる反応には次のようなものがあります。

(1) Modified cytosine oligonucleotide (シトシン変換体)
J. Org. Chem.200570, 7841-7845.

熱ストレスによってfull-lengthオリゴより"+80 Da"大きい不純物が生成します。推定反応機構は上のスキームの通りで、脱プリン化からさらに分解することで生じる4-oxo-2-pentanalがシトシンと反応することで副生すると考えられます。

(2) Cross-linked oligonucleotide
Bioorganic and Medicinal Chmistry Letters200616, 607-614.

脱プリンして生成するデオキシリボースが開環し、アルデヒド部分がシトシンと反応してシッフ塩基を形成いてcross-linkedオリゴが副生します。


以上、核酸医薬はN-of-1の医療に対応できる社会的意義の高い数少ない創薬モダリティなんだなと殊勝な気持ちを醸し出しつつ、合成にしがみついていきたい二流大出のテクニシャン(研究補助員)のオリゴ核酸スーパー初心者級メモ「その4」でした。

 

2022年10月10日月曜日

スーパー初心者のためのオリゴ核酸合成入門 (不純物編) (3):ショートマーとかPO変化体とか3'-terminal phosphorothioate monoesterとか

ども、コロナも収束傾向で、(コロナ弱者には運が悪かったと諦めてもらうことで)社会的には収束した空気に今日この頃、大好物の麻婆豆腐を食べたときのメモです。
(ボクもコロナ弱者になりつつあって、人ごとじゃないんですけどね)

-四川雅園 (visited Aug. 2022)-

住所:港区赤坂4-3-11 1F 

-麻婆豆腐定食 (850 JPY)- 
-RATING- ★★★★★
-REVIEW- 
中華のスパイスの濃厚な香りと重厚感のあるコク深い味わいが素晴らし!。葱と山椒っぽいのがトップに振り掛けてあって、麻婆本体内部の痺れはほぼほぼ無い。
油はちょい控えめで、旨味が強くて旨すぎる! 


デザートの杏仁豆腐も清涼感のある甘い香りで 美味しかったです。



閑話休題


時代はニューモダリティ。ホスホロアミダイト法で副生する(微量)不純物のメモの続きです。

これまでのメモはこちら↓


それでは今回は下の「5」「6」「7」についてメモっていきます。

1.   chloral adducts (trichloroacetaldehyde modified oligonucleotides, トリクロロアルデヒド反応物)
2.   DMTr adducts (4,4'-dimethoxytrytyl-C-phosphonate, C-ホスホネート体)
3.   acrylonitrile adducts (シアノエチル付加体)
4.   isobutyryl adducts
5.   short deletion sequences (shortmer, ヌクレオチド欠損体)
6.   phosphodiester analogs (PS→PO変化体)
7.   3'-terminal phosphorothioate monoesters
8.   phosphorothioate oligonucleotides as impurities in oligonucleotide dithioates
9.   lomgmers (ダブルカップリング)
10.   depurinated oligonucleotides and formation of apurinic site (脱プリン体)
11.   deaminated oligonucleotides (deamination, 脱アミノ化)
12.   methylamine adducts (メチルアミン付加体)
13.   solid support由来の不純物

5.   short deletion sequences (shortmer, ヌクレオチド欠損体)

schematic image

ヌクレオチド欠損体(塩基欠け; n-1, n-2, ...)は、カップリング、キャッピング、脱トリチル化の失敗で生じます。一般的に(n-2)-merやもっと短いshortmersの分離は容易ですが、(n-1)-merはfull-lengthのオリゴヌクレオチドと物性が似ているので分離が難しくります。
対策は、反応時間延ばしたり、試薬を変えたり、濃度高くしたりして各サイクルで反応をしっかり進行させることですかね?


6.   phosphodiester analogs (PS→PO変化体)

ホスホジエステル(PO)アナログは、S化オリゴ合成におけるチオ化の失敗によって副生します。また、S化オリゴを過酸化水素とかの酸化剤に曝すとPO変化体が生成するようです。あと、ヨウ素/N-メチルイミダゾール/水/THF, 37℃でPS→POの変化が進行するんですね(Bioorg. Med. Chem. Lett., 2005, 15, 4118-4124.)。
それから、上述したような積極的な酸化条件下でなとも、S化オリゴのホスホロチオアート結合がホスホジエステル結合に戻ってしまったりしますね。
この不純物は"PS→PO"変化体一個につき16Da小さい質量で検出されるので、その点を注意してマス・データを解析しましょう。
POとPSの分離は、逆相HPLCよりも陰イオン交換クロマトグラフィーで良いそうです。


7.   3'-terminal phosphorothioate monoesters

Org. Proc. Res. Dev., 2003, 7, 259-266.
Bioorg. Med. Chem., 2003, 11, 4673-4679.

固相担体(Pharmacia HL 30 dA Primer Support)に結合したdA (デオキシアデノシン)が最初の脱トリチル化中に脱プリンし、アンモニアを使った脱樹脂・脱保護過程でβ-脱離からのフラグメンテーションが起こってfull-lengthのn-1の3'-terminal phosphorothioate (3'-TPT) monoesterが副生します。
最初の脱トリチル工程の処理時間を長くすると、3'-TPTが増えるのが確認されています。
因みに、アデニンからリンカーを生やして合成すれば3'-TPTの副生を抑制することができます↓

でも、スキーム上段の実験項がスゲー怪しいんですよね。1 mmolの原料から目的物(中間体)を3.5 mmol取得して収率42%とか、ボクの計算が間違ってなければ質量分析の質量数が合わないんですけど。
っていうか、他の固相担体を使えばいいんじゃないでしょうか?(知らけど)。
Nucleos. Nucleot. Nucleic Acids, 2011, 30, 475-489.
Org. Proc. Res. Dev., 2008, 12, 399-410.
Tetrahedron, 2021, 92, 132261-132266.

ところで、固相単体にはCPG (Controlled Pore Glass)ベースのものとPS (ポリスチレン)ベースのものがあります。
CPGは細孔が大きく長鎖合成向きで200mer程度の合成も可能です。膨潤はぜず、loadingは20-50 μmol/g程度 (多くても90 μmol/g)。
PSは30mer程度までの合成に向いていて、膨潤するのが特徴です(反応サイクルは膨潤-収縮を繰り返す)。因みに、NittoPhase®️ HLの場合、アセトニトリル中で4.0 ml/g、トルエン中で6.1 ml/g程度まで膨潤するそうです。


以上、オリゴ核酸合成覚えて合成稼業にしがみついていきたい、二流大出のテクニシャン(研究補助員)のオリゴ核酸スーパー初心者級メモでした。

 

2022年8月22日月曜日

スーパー初心者のためのオリゴ核酸合成入門 (不純物編) (2):C-ホスホネート体とかシアノエチル付加体とかイソブチリル付加体とか

時代はウィズ・コロナ。居酒屋が大分ご無沙汰で寂しいので、過去の想い出をメモしてみます。
コロナ禍では敷居の高い、アメ横ガード下のキャッシュオンデリバリーのお店です。

-立飲み たきおか (visited Mar. 2019, Apr. 2019.)-

 住所:台東区上野6-9-14 

-ビール (大瓶) (410 JPY)-
アサヒ スーパードライ。

-肉豆腐 (300 JPY)- 
-RATING- ★★★★★
-REVIEW- 
マイルドなチゲテイストで、ニンニクのばっちり効いた肉豆腐。 
お豆腐は絹。
お肉は豚バラでしょうか? 
チゲ、ニンニク、肉、お豆腐のコンボで不味いわけがない! 
もう、ちょっとした鍋ですよ。 



-煮込み (もつ煮込み) (160 JPY)- 
-RATING- ★★★★★
-REVIEW- 
豚の白モツの白味噌仕立てでしょうか。
スープは鳥白湯を想わせるマイルド&クリーミーな滋味豊かなあっさりテイスト。 
モツはとっても軟らかくて、クセの無い優しい味でスープとベストマッチ! 
これは相当旨いネ。 東京五大煮込みに加えたいレヴェル。


-ポテトサラダ (160 JPY)- 
-RATING- ★★★☆
-REVIEW- 
普通においしい。 





-チューハイ (310 JPY)-  
-RATING- ★★★☆
-REVIEW- 
甘くなくてキリッとしている。
硬派。
氷リッチ。






-豚バラ串焼2本 (230 JPY)- 
-RATING- ★★★★★
-REVIEW- 
塩をセレクト。 
しっかりした噛みごたえ。無駄な硬さがない。
脂は多過ぎず、締まった肉感がリッチで、肉の旨味が強く滲み出る。 
塩振りはいい塩梅。
カラシとの相性も最高。 
かなりクオリティ高い。 


-こはだ (220 JPY)- 
-RATING- ★★★☆
-REVIEW- 
いい塩梅に締まっていて美味しい。
もう少し身が軟らかければ言うことなし。 






-生すだちサワー (350 JPY)- 
-RATING- ★★☆
-REVIEW- 
一升瓶に入ったすだち果汁(?)を注いでいた。 
ちょっと甘くて、少し安っぽい味。 







-レバ串焼 2本 (220 JPY)- 
-RATING- ★★★★★
-REVIEW- 
塩をセレクト。
レア感(内部にパテ感)があって、塩の効かせ方が必要十分。 
これは旨いわ。 

-シロ串焼 2本 (220 JPY)- 
-RATING- ★★★☆
-REVIEW- 
塩をセレクト。 
弾力リッチな部分と(主に外側の)少し焦げたパリッとした食感とのコントラストに加えて、滲み出る脂感が素晴らしい。 
ただ、塩がキツ過ぎだった。これだけが残念。 
塩のバランス良ければ文句なく満点の味。 


-立飲みカドクラ (visited Mar. 2019.)-

住所:台東区上野6-13-1 フォーラム味ビル1F 

漢字で「火土蔵」らしいですね。 


-酎ハイ (250 JPY)-
甘くなくてスッキリしててイイネ。 


-モツ煮込み (150 JPY)- 
-RATING- ★★★☆
-REVIEW- 
マイルドであっさりした優しい味噌テイスト。 
もつは軟らかく、少しソリッド(solid)な乾いた食感。
クセの無い味でとても美味しい。
これで150円はヤヴァイね。 
(たきおかの方がリッチ&メローで濃厚な味わい)。 



-ぶり刺し (450 JPYだったと思う)- 
-RATING- ★★★☆
-REVIEW- 
脂ぎってないので天然かな?だけど、しっとり感は無い。
大きめに繊維が剥がれていくような張りのあり食感で、けっこうあっさりしている。
まあ旨いね。 


-お新香 (150 JPY)- 
-RATING- ★★★★★
-REVIEW- 
胡瓜の浅漬けは普通。 人参は薄味で人参の良さが良く出ている。微妙に残ったケミカル・フレーバー(chemical flavor)が絶妙。 そして、コリッとした食感が堪らない。
大根の甘酢漬けと蕪の甘酢漬けは、ベタついたところが無くて、良い塩梅の薄化粧テイスト。大根はシャクシャクっとして軟らかく、蕪は可愛らしい食感に仕上がっていて、とても旨い!


閑話休題


時代はニューモダリティ。前回のメモの続きでホスホロアミダイト法で副生する(微量)不純物のお話です。

今回は下の「2」「3」「4」についてメモっていきます。

1.   chloral adducts (trichloroacetaldehyde modified oligonucleotides, トリクロロアルデヒド反応物)
2.   DMTr adducts (4,4'-dimethoxytrytyl-C-phosphonate, C-ホスホネート体)
3.   acrylonitrile adducts (シアノエチル付加体)
4.   isobutyryl adducts
5.   short deletion sequences (shortmer, ヌクレオチド欠損体)
6.   phosphodiester analogs (PS→PO変化体)
7.   3'-terminal phosphorothioate monoesters
8.   phosphorothioate oligonucleotides as impurities in oligonucleotide dithioates
9.   lomgmers (ダブルカップリング)
10.   depurinated oligonucleotides and formation of apurinic site (脱プリン体)
11.   deaminated oligonucleotides (deamination, 脱アミノ化)
12.   methylamine adducts (メチルアミン付加体)
13.   solid support由来の不純物


2.   DMTr adducts (4,4'-dimethoxytrytyl-C-phosphonate, C-ホスホネート体)

亜リン酸結合を酸化または酸化的にチオ化する際に反応が不十分だと、未反応のPhosphite Triester(亜リン酸基)が続く脱トリチル工程で脱離したジメトキシトリチル(DMTr)カチオンと反応(Arbuzov type reaction)してC-ホスホネート体が副生することがあります。
Bioorag. Med. Chem. Lett.200414, 4683-4690.

トリチルカチオンが付加して生成したホスホニウムイオンが結合aで開裂するとDMT-C-phosphonate di-esterが副生し、結合bで開裂するとDMT-C-phosphonate mono-esterが副生するってことですね。


3.   acrylonitrile adducts (シアノエチル付加体)

ホスホロアミダイト法による固相合成では、伸長させたオリゴ核酸をアンモノリシスによって担体から切り出しますが、一緒に核酸塩基の保護基とシアノエチル基の脱保護も行います。
この時にアクリロニトリルがβ-脱離して生成します。そして、チミジンのチミン塩基とのマイケルタイプの反応によってアルキル化(シアノエチル化)が進行することがあります。アクリロニトリルはアデニンやシチジンとも反応しますが、チミジンとの反応が圧倒的に速いです(チミジン残基の酸性度が高いことと、シチジンはベンゾイル保護されているので、保護基が掛かっている状態ではアクリロニトリルとは反応しない)(Org. Process Res. Dev.20037, 832-838.)。


ただこの副反応には抑制法が存在して、アンモノリシスによる脱サポート・脱保護の前にトリエチルアミンやジエチルアミンで処理してシアノエチル基を除去してやれば、チミン塩基に先んじてアクリロニトリルをキャプチャーしてくれます(多分、ジエチルアミンの方がスタンダードなんじゃないかと思います)。
因みに、脱サポート・脱保護のプロセスは、まず脱サポートが起こり、加熱することで塩基の保護基とシアノエチル基が外れるらしいですね(使う固相担体にもよるかもだけど)。

4.   isobutyryl adducts

脱保護するときなんですが、ベンゾイル保護されたアデニンやシトシンはアンモニア水溶液でサクっと脱保護されるのですが、イソブチリル保護されたグアニンははずれ(加水分解され)にくいです。なので、脱保護条件がキマってないとグアニンのイソブチリル基が残存することがあるようなので気を付けましょう。


以上、ニューモダリティに置いてけぼりくらってクビになりたくない、二流大出のテクニシャン(研究補助員)のオリゴ核酸スーパー初心者級メモ「その2」でした。

  

2022年8月17日水曜日

Raumen_Colle (ラーメンコレ) (11)

コロナ禍でも、やっぱりラーメンが好き。ラーメン大好き(中年)コンキチです(ラヲタではない)。

過去のメモはこちら↓



新たに探索したラーメン達です↓


entry 51   中国ラーメン 揚州商人 (visited Apr. 2021, May 2021.)

-生ビールジョッキ (580 JPY)- 

-スーラータンメン (960 JPY)- 
-RATING- ★★☆☆☆
-REVIEW- 
酸味を基調としたマイルド酸辣湯。辛さ控えめの大人しい味の割に、上品感に乏しい。 
麺は刀切麺(極太麺)、揚州麺(中太麺)、柳麺(細麺)から選ぶことができて、おすすめという揚州麺をセレクト。表面がツルツルの中太ほぼストレート(軽微なウェーブ)の麺。独特のモチモチ食感は秀逸。噛んでいて楽しくなる。但し、中盤から飽きてくる。
ボク的には、サンラーには細麺(柳麺)の方が合ってるんじゃないかと思う。 
具材は、玉子、豚肉(ちっちゃいのがちょっぴり)、椎茸、竹の子、白髪葱。 
はっきり言って、コスパが悪いと思いました。 

-餃子(6個) (400 JPY)- 
-RATING- ★★☆☆
-REVIEW- 
普通にジューシーで、普通に美味しい。
具材は、豚挽肉、ニラ。ニンニクかな?

 

 
entry 52   麺屋  柏店 (柏, visited May. 2021.)

住所:柏市旭町2-1-5 

-淡麗煮干しそば (800 JPY)- 
-RATING- 
-REVIEW- 
ファースト・コンタクトはスープから立ち昇ってくる独特の力強うフィッシー・ンート(fishy note)。かなり魚っぽいが、いやらしさは全く感じず、食べ始めると全く気にならなくなる。 
麺は細めのストレート。つるっとした食感で適度なモッチリさとキックがあって、ちょい穀物の香味がして美味しい。 
スープは綺麗でコク深い味。表層に浮かんでいる油が食欲をそそる。滋味リッチであっさり旨いスープに仕上がっている。 
麺とスープの相性は抜群。麺はスープを良く纏い、咀嚼することで、スープの旨味の後に麺の旨さが口腔に広がる。 
具材は、メンマ(軟らかくて美味しい)、三つ葉(スッキリ)、紫玉葱(シャキシャキ)、チャーシュー。チャーシューは軟らかくて、軽微な獣臭が食欲をそそる。厚みもペラペラじゃない程度にはあって、満足感を損なうことはない。肉の旨味がちゃんとあって、脂ののりも多すぎず少なすぎず丁度良い塩梅で食感も楽しめる。 

-白飯(小) (50 JPY)- 
オススメの 雑炊もやってみたけど、別々に食べるのがボクの好み。


entry 53   らーめん工房 けや木 (柏, visited Dec. 2021.)

住所:柏市若柴91-28 

-えびすビール(中瓶) (570 JPY)- 


-モツ煮(テッポー) (450 JPY)- 
-RATING- 
-REVIEW- 
グツグツの状態で提供される(熱気が凄い)。
お味噌の香味が良いです。ちょい硬めの味。八丁味噌か? 
モツは軟らかくて、弾力があって、味が染みてて、トロッとしてて美味しい。他の具材は、蒟蒻とお豆腐(絹)。クセになりそうな旨さ。 

-けや木らーめん 小 (900 JPY)- 
-RATING- 
-REVIEW- 
小盛(140 g)から中盛(200 g)まで無料ということで、中盛にしてもらう。  
麺は細麺で、程よいキック。精製された穀物を想起させる仄かな甘味を感じる。 
スープは鰹節系の香味が超リッチ(濃厚)。
具材は、チャーシュー、メンマ、白髪葱。 チャーシュはソリッド(solid)感大。出汁を取って味が抜けた後、タレに漬け込んだような味。ちょいトロッとしたところもある。 
メンマはコリッとした程よい食感。基本軟らかくて、旨し。
ハイスペック醤油拉麺。


entry 54   RAMEN EXPRESS 博多一風堂

https://www.ippudo.com 

-白丸とんこつ (790 JPY)- 
-RATING- ☆☆
-REVIEW- 
スープはとても旨い。あっさりトンコツで、マイルド&クリーミー。甘味、塩味、脂の配合が黄金比なんじゃないでしょうか。 
具も美味しいです。コリコリの木耳の食感は絶妙に気持ちいい。 チャーシューもいいネ。外周は噛み心地良く、全体的にマイルドな獣感。中心部はチョイ軟らかく脂感も丁度いい。 
で、肝心の麺が全然ダメ(細麺)。トップの甘いニュアンスは良し。但し、良かったのはそこだけ。ぬめりがあって食感よくないし、テール(tail)にエグ味を感じる。もう、このラーメンは麺で全てが台無し(残念)。スープが泣く。


entry 55   こってりらーめん なりたけ 本八幡店 (本八幡, visited Apr. 2022.)

住所:市川市本八幡2-16-20 

-醤油らーめん (750 JPY)- 
-RATING- 
-REVIEW- 
スープからはキリッとした醤油の香り。こってりらーめんと言いつつ、けっこうあっさりした豚骨醤油で、塩味がしっかり効いている。 
中太の麺は歯切れ良く、コシがあるというより、やや硬めに茹で上げられているんだと思う。だからといって粉っぽさがあるわけではなく、弾力もしっかり。咀嚼すると穀物様の仄かな甘味を感じる美味しい麺。 
この麺に塩気の効いたスープがベストマッチ。互いに当たり負けしておらず、ぶつかることによって旨さが弾けるイメージ。 多分、背脂が甘味とコクを付与してるんだろうと思うけど、くどさや変な脂っぽさは全然なくて、けっこうあっさりしている。 
具は、チャーシュー、メンマ、もやし、葱。 チャーシューは激薄で、脂部分は甘くとろけ、肉部分はソリッド感あるも軟らかく、好ましい獣フレーバーがいい感じ出ていて旨い。メンマは全体的に軟らかいんだけど、中心部にコリッとしたところが残っていて、味もいいんだけど食感もいい。 もやしはシャキシャキ。 葱は青い部分が厚めに刻まれているんだけど、麺もボディ強いし、スープに塩気も効いているので丁度いい。 
暴力的に調和したマイルドラーメンに仕上がっていると思いました。 


それにつけてもラーメンって一杯千円しないから、ホント庶民の味方ですよね。だから好きです。