2023年9月17日日曜日

Catch and Remove If You Can：Reactive Capping

押上はスカイツリーのほど近くに佇む小料理屋に行ってきました。
自分で発見したわけではなくて、黒かどや さんのツイートを見て、そろそろ夕方の暑さも和らいできたことだしということで足を運んだわけです。

-小料理かずよ memo-
住所：墨田区横川3-12

-アサヒ・プレミアム生 熟撰 生ビール (550 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
このお店で出される飲み物は、(多分)全てうすはりのタンブラーで提供されるんですよね。
うすはりのグラスは割れやすくて取扱いに気を遣うと聞きました。
かなりのこだわりを感じたです。




-お通し-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
里芋と人参とインゲンの煮物。
薄味ながらしっかりとした丁寧な絶妙な味付けで、落ち着きます。





-おしんこ (250 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
蕪、胡瓜、人参の糠漬け。
酸味強い系で、糠の香味がノスタルジックです。




-刺身盛合せ (550 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
鮪、縞あじ、白いか、石垣買の四点盛り。
鮪は冷凍だと思うけど上手く解凍されていて、軟らかいんだけどダレてなくて、しっとり滑らかな舌触り。甘い綺麗な脂が程よく乗っていて美味しい。
縞あじは、淡白な旨味リッチ。張りのある身にいい感じに脂が乗っていて美味。
白いかは綺麗な淡白な味わいで、しっかりした弾力。
石垣貝は甘くてフワフワな食感。薄くスライスされたレモンと一緒に食べるのがボクのお勧め。レモンの輪切りのソリッドな食感とのコントラストが面白く、酸味が付与されて香味がパワーアップ！
これでたったの550円は注文するしかない。


-生レモンハイ (400 JPY)-
-REVIEW-
レモンの搾り汁がふんだん。










-焼とり つくね (100 JPY)-
-焼とり ねぎ間 (100 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
つくねはやんわりと漂うローストフレーバーが香ばしい。良くマッシュされていて、プリッとしていてふくらしている。自然な鶏のコク深い味わいが滲みます。
ねぎ間は穏やかな味で普通に旨い！
どちらも塩味。ガスコンロのグリルで丁寧に焼かれて提供されます。


-ウーロンハイ (400 JPY)-


-冷し中華 (550 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
これは絶品。過去一の冷し中華かも。しかも具沢山。
しなやかでシャワシャワした食感の細麺が旨過ぎる。口に中で踊る踊る。
ツユは丁度良い甘さで、僅かに角の立った酸味がベストな味わい。
具材は、玉子、ハム、メンマ、胡瓜、チャーシュー。乗せ忘れたといって、別皿でたっぷりの海苔。全てフレッシュで美味しいんだけど、特筆すべきはチューシューと海苔。
薄く切り出されたチャーシューは上品な獣フレーバーと心地よい肉感でかなり旨い。
海苔は表面に細かい塩のザラついた感触があってコク深い塩味があり、海苔自体の香味が深く、控えめに言ってとっても美味しいです。


昭和20年(1945年)生まれの78歳のお母さん(女将)がワンオペで営業している気の置けない、安かろう美味かろうを地でいく丁寧な仕事をするお店でした。
しばらくしたら、節度と敬意を持って再訪したいと思います。


閑話休題


こんな論文を読んでみました↓

New method for peptide purification based on selective removal of truncation peptide impurities after SPPS with orthogonal capping
J. Pept. Sci., 2023; e3496.


ペプチドの精製法に関する報告です。

先日メモしたペプチド精製法(Catch and Release If You Can)は、目的のfull-lengthのペプチドに精製タグを導入し、固相担体にキャッチさせて不純物を洗い流すことで精製します。それに対して本報の方法は、不純物である短鎖ペプチドに精製タグ(purification tag)を導入して固相担体にキャッチして取り除くという対照的な精製戦略を採用しています。

(1) 精製タグを不純物=主に短いペプチド(truncated sequences)に選択的に導入(キャピングで導入する)
(2) Fmocを外して樹脂から切り出し
(3) 精製タグと反応する官能基で修飾したレジンに固定化(キャッチ)
(4) 目的のfull-lengthのペプチドを洗い流す (リムーブ)

といった感じです。
模試図で表すと、次のような感じです↓


で、著者らがデザインしたCapture moleculeとpurification resinこちら↓

Capture molecule

Purification resin (maleimide-modified resin)

capture moleculeは脱保護のモードを二種類用意しており(酸加水分解と還元)、これらの分子を使ったキャッピングをReactive Cappingと名付けています。具体的には、capture moleculeを短鎖ペプチドに導入後、保護基を外してpurification resinで捕獲します。補足モードは、古典的な生体直交反応であるスルフヒドリル基と(チオール)とマレイミドのマイケル反応ですね。

あとちなみにですが、2-(2-methyldisulfanyl)acetic acidの合成は滅茶苦茶時間かかってます(トリエチルアミンを継ぎ足しして少なくとも9日間は反応させてるみたい)。

それでは、以下に具体例を示しましょう。


Reactive capping based purification using THP protected thioglycolic acid as capture molecule.


Reactive capping based purification with S-methyl disulfide protected thioglycolic acid as capture molecule.

はっきり言って、切れ味が悪すぎますね。
コンセプトはいいと思うので、今後の展開を温かく見守りたいと思います。

以上、低分子だけが有機合成じゃない。二流大出のつぶしの効くテクニシャン(研究補助員)になりたいマンのペプチド精製メモでした。


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2023年8月29日火曜日

Catch and Release If You Can

先日、人生で二回目の名古屋に行ったんですが、そのとき食べたご飯のメモです。 


entry 1   宮きしめん 神宮店

住所：名古屋市熱田区神宮一丁目1番1号 熱田神宮境内

-宮きしめん 冷 (850 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
トップに戴いた鰹節がいい匂い。麺はツルッ、モチッとして、吸い付くような食感。綺麗な味で、食べ応えある。 
キリッと冷えたツユは辛めのしっかりした味で、麺との相性はベストマッチ。 
具材は、ほうれん草、葱、椎茸、お揚げ、蒲鉾。お揚げはカラスも持ち去るほどの美味さ(具材全部美味しい)。 


entry 2   きんぼし 伏見店

住所：名古屋s中区栄2-1-12 ダイヤパレス伏見 2F

-席料 (250 JPY+tax)-

-サッポロ黒ラベル 生ビール (638 JPY)-

-キャベツ料 (100 JPY+tax)-
-RATING- ★★★☆☆
-REVIEW-
焼肉のタレライクなジャンクテイストのある味噌タレ(ペースト)で いただきます。 




-特性コーチン串 (しお) (539 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
コーチンのもも肉、砂肝、心臓、レバーを一串で。 
ももはプルっとした(ダレてない)弾力で最高にしなやかな食感。 
砂肝は上品めの独特のクセのある味わいと、穏やかめの食感。 
心臓はキュッとした食感が心憎い心地良さ。 
レバーはプルプルしていて全く臭みがない。 
名古屋コーチンは初めてだったんだけど、全体的には繊細で上品な食感と味と思いました。ワンランク上の美味しさ。嫌味がなくて味わい深いと思いました。 

-コーチンぼんじり (しお) (253 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
コーチン独特の脂のうまさを感じる一品とのこと。
ぷりゅぷりゅの脂が堪らんです。
レモンを搾ってでさっぱり感アップ。 






-コーチン抱き身 (330 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
味は塩味。
(普通の？)モモ肉に近い弾力。(普通の？)モモとムネの中間の味わいで、ちょいサッパリしたワンランク上の胸肉と思いました。 





-コーチン皮 (しお) (253 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
しっとり軟らかく弾力感リッチ。
ブヨブヨじゃなくて、とっても美味しい。







-低温真空調理 鶏レバ刺し (539 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
国の生肉調理基準をクリアして、レバ刺しのねっとりとした食感を再現した一品だそうです。 
低温真空調理のレバ刺しは奇跡の食感。とっても軟らかくてねっとり溶けるような感覚で、超上品でフレッシュなパテといった印象。 
胡麻、胡麻油、塩の味付けでいただきます。 


-グラスワイン (白) (583 JPY)- 
-REVIEW- 
普通に美味しい。 

-ねぎま (たれ) (220 JPY x2)- 
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
三河地鶏のモモ肉のねぎま。
三河地鶏もとっても美味しい。
コーチンと較べて硬めの身質。
葱がとってもジューシー。
タレは程よく締まった甘さ。
タレと焦げフレーバーのシナジーが最高。 

-つくね (しお) (165 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
とってもいい感じにスパイシーさが付与されている。
やや粗めに挽かれたであろう肉感も気持ちいい食感。
あと、味付けは塩で正解。 




-レバー (253 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
塩味。 
ブルブルでレア感大。
穏やかに薫るレバー特有の香味がたまらない。
味付けは塩で正解。 




-七田 (539 JPY)-
-RATING- ★★★★☆
-REVIEW-
on the rocks. 
酢酸イソアミル様の香りがたっぷりの吟香焼酎。 

-焼きのりまき茶漬け (429 JPY)-
-RATING- ★★★☆☆
-REVIEW-
十穀米を使ったきんぼし風焼きおにぎり。
のりまきのご飯がねっちゃりしてるけど、箸で崩すと丁度いい感じの食感になる。 
しその風味が良いです。 

 クリンリネスとホスピタリティに富んだ店でした(また行きたい)。 


entry 3   ハロキ
住所：名古屋市昭和区山手通1-6

-ゴーダチーズハンバーグ (900 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
熱々の鉄板に乗せられて、ジュージューいった状態で提供される。チーズはパリパリになって焦げ目も付き香ばしい。ハンバーグはそこそこキメ細かくて挽肉の肉感がチョイ感じられ、いい感じの弾力があって美味しい。 あと、ハンバーグとチーズのコンボは絶対的正義。 


entry 4   ザ・カフェ イートサロン ('The CAFE eat salon)

住所：名古屋市昭和区山手通1-25

-赤ワインで煮込んだ牛肉カリー (1,680 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
お肉食べてるぞ！という実感が凄い満足感たっぷりのカレー。サラダ、小さなデザート、お飲物付き。
酸味の効いた甘くまろやかなコク深カレーに仕上がっていました。
所謂、欧風カレーだと思う。
大振りにカットされたビーフは良く煮込まれていて、とても美味しい。軟らかいんだけど、噛みしめる楽しさを味わえる弾力がる。そして、あまりにホロホロ崩れ過ぎないところがい。
デザートのコーヒーゼリーは甘さ控えめ、上部のムースぽいところが甘く、ゼリーのほろ苦さがいい感じ。 
サラダはフレッシュで美味しいし、 コーヒーも普通に美味しかったです。


閑話休題


こんな論文を読んでみました↓

Traceless parallel peptide purification by a first-in-class reductively cleavable linker system featuring a safety-release
Chem. Sci., 2021, 12, 2389-2396.

ペプチドの精製に関する論文です(オープンアクセスです)。

ペプチドの合成と言えば、固相合成(SPPS: Solid-Phase Peptide Synthesis)で合成して、逆相HPLCで精製するのが一般的です。スタンダードです。王道です。ラボスケールだけじゃなくって企業化ベースでもデフォですね。

SPPSは自動合成装置が普及していて、パラレル合成可能な機種もあります。例えば、MultiPep 2とかSyro IIとかでしょうか。
それに対してHPLC精製はリニアなプロセスで、マルチチャネルで精製できるシステムは存在せず(多分ないんじゃないかなぁ)、精製過程がスループット向上のボトルネックになっています。

精製上のボトルネックを解消するため、著者らはキャッチアンドリリース法によるパラレル精製法を開発しました。

キャッチアンドリリース法の概要は次の通りです。

(1) 精製タグ (purification tag, catch tag, PEC-Linker)を目的のペプチドに選択的に導入
(2) 樹脂からの切り出しと脱保護後、精製タグと相互作用する固相担体に固定化(キャッチ)
(3) 精製タグの付いていない不純物(短鎖副生物、塩、保護基のカスとか)を洗浄
(4) 精製タグを切断して固相担体から切り離す(リリース)

重要なのはSPPSでアセチルキャッピングを毎サイクルいれることで、これによって理論的には目的のfull-lengthのペプチドに対して選択的に精製タグを導入することが可能です。

ということで著者らの開発したfirst-in-calssな還元的に開裂するリンカーはこちら↓
PEC(Peptide Easy Clean)-Linker

脱離基にp-ニトロフェノールを有し、還元的に切断されるp-アジドベンジルユニットを組み込み、キャッチタグとしてオキシアミンを採用したPEC(Pepride Easy Clean)-Linkerです。

ちなみにリンカーの合成法はこんな感じ↓

そして、著者らが開発したリンカーを用いたキャチアンドリリースによる精製プロトコールは次のようになります。
(新規タブで開いて拡大すると見やすいです)

キャッチタグ(catch tag)のアミノ基とアルデヒド修飾したアガロースビーズ(aldehyde-modified agarose beads)のホルミル基との反応でオキシムを形成させて固定化し、不純物を洗い流したあとcleavable unit を切り落として目的のfull-lengthのペプチドを取り出します。
で、このプロトコールのポイントは次のようなことなんじゃないかなぁと思います。

a) Aldehyde blocking, Imine detachment
固定化(Immobilaization)の際、アガロースビーズ(樹脂)から生えてい過剰のホルミル基があるんですね。で例えば、配列にリシンを含んでいるとイミンを形成してしまい、そのためアガロースビーズから外れなくなってしまって、その分ロスってしまいます。その対策がシステイン処理です。
システインで処理することによって、過剰のホルミル基をチアゾリジン変換することでリシンとのシッフ塩基形成を阻害します。また、既にイミン形成をしていても交換されます。
ところで、配列にリシンが入ってなければこの処理をやらなくていいかというと、そうではないようです。理由は分かんないけどリシンレスなペプチドであったも、この処理をしないと得量が減っちゃうんだそうです。なので、デフォでやりましょう。

b) Br基の導入
PEC-Linkerのcleavable unitの芳香環へBr基を導入することで、TFA cleavageにおける耐酸性が向上します。

c) 弱塩基性(pH 8)でのアジドからアニリンへの還元
アジドの還元はトリフェニルホスフィン(TPP)を使ったSyaudinger反応でも当然可能です。TPPでアジドを還元してイミノホスホランとし、ここで過剰のTPPをウォッシュ。ここまではいいんですが、イミノホスホランを酸加水分解すると一気1,6-脱離まで進んでしまいます。


加水分解によって副生するトリフェニルホスフィンオキシドをウォッシュする前にアガローズビーズが外れちゃうんですね。ただ、TFAに溶解してエーテルを加えてペプチドを析出させればTPPOはエーテル相にいって除けます(トレース量はペプチドに混じってしまうそうですが)。但し、その次善策もペプチドがちゃんと固化しないと無意味です(よくありますね)。
なので、弱塩基性条件下でのDTT(ジチオスレイトール) による還元は、いい条件で"safety-release"なのです。

ハイ、ということで著者らはこの手法を9-20残基(平均 17)のペプチド20個の合成に試してみました。その結果は、

クルード純度：6-79% (平均 53% )
PEC purification後の純度： 66-99% (平均 89%) 14個は純度90%以上。
Recovery：45-100% (平均 72%) 

Recovery (%) = (Final weight × purity afetr PEC)/(molecular weight × synthetic scale × crude puriry)

でした。

まぁ、ざっくりした数字だけ聞いてみてもピンとこないと思うので、注目に値する事例を示しましょう。下の配列のペプチドの例です↓

クルード純度が6%と滅茶苦茶低いのですが、 PEC精製すると99%に純度が向上します(recovery 81% )。素晴らしいですね。純度6%のクルードをHPLC精製してピカピカにするだけでも難しいのに回収率も高いです。なかなかイノベーティブな手法ですね。

パラレル精製でスループットを高めるという目的以外にも、HPLC精製で分離が困難なペプチドの分離精製に検討してみる価値があると思いました。

以上、ペプチドも合成したい二流大出のテクニシャン(研究補助員)のペプチド精製キャッチ&リリースメモでした。


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2023年8月16日水曜日

Raumen_Colle (ラーメンコレ) (14)

今年の夏はいつにも増して暑いですね。
人生でエアコン稼働時間が最も長いシーズンとなっています。
しかし、心頭滅却すれば火もまた涼し。熱いラーメン喰って体力と根性つけようと思います。



ということで、麺活メモです。


entry 66   ラーメンハウス中島 (平和台, visited Jan. 2023)
住所：流山市平和台3-2-44

-ラーメン (800 JPY)-
-RATING- ★★☆☆☆
-REVIEW-
スープは綺麗に澄んだ味の醤油味。昔懐かしいテイストで胡椒がけっこう効いている。そして、柚子皮が沈めてあるのが心憎い。
麺は冷麦に似たところがあってツルンと入ってくる。
麺の量が多いんんだけど、食べ終わるとそれほど満腹感は大きくない。
具は、海苔、チャーシュー、メンマ、ナルト、葱。
総じて、二十年前ならかなり旨かったんだろうけど、現代では物足りない。そんなノスタルジックなラーメンに仕上がっていると思いました。フェイスもオールド・スタイルだし。


entry 67   麺屋 ORIGAMI (浦和, visited Feb. 2023)
住所：さいたま市浦和区仲町2-10-12

-味玉煮干しそば 並 (900 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
麺の量は140 g。
スープからは濃厚な煮干しの香味。ちょいエグ味もあるけど、魚食いの日本人には堪らない味。
端正な味わいの細麺は、煮干しふんだんスープを絡めて啜るのに適していると思う。
具材は、味玉、チャーシュー、黒バラ海苔、刻み葱、刻み玉葱。
トロリ濃厚な黄身の味玉が美味。チューシューはレアチャーシュー(だったと思う)。黒バラ海苔の風味は濃厚で、刻んだ玉葱がお洒落です。
ちょっと蕎麦を意識して、そっち側に寄り過ぎというきらいはあるかも。


entry 68   ケンラボ (南流山)
住所：流山市南流山4-4-2 近代コーポ 1F

-濃厚味噌ラーメン (850 JPY, visited Mar. 2023)-
-RATING- ★★★★☆
-REVIEW-
トップに戴い葱の香りが鮮烈。
スープは上層に粘度を感じるんだけど、食べ進んでいくに従って粘度を感じなくなる。表面に浮かんでいる白胡麻の香味ふんだんで濃厚な白味噌の甘さ。それなりに濃厚なスープなんだけど、くどさを殆ど感じない(お見事)まろやか系のテイスト。
麺は中細平打ちのほぼストレートで、異味なく美味しくスープにも合ってる。
具は、海苔、葱、カイワレ、もやし、メンマ、チャーシュー。
味噌ラーメンにもやしは鉄板のコンビネーション。
メンマは根本まで軟らかい。
レアチャーシューはスープでしっかりと温めて食べたい。

-しょうゆラーメン (830 JPY, visited Apr. 2023)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
麺は中細ほぼストレート(ゆるめのウェーブ)。超絶程よいくモチッとした美味しい麺。しなやかで噛み心地がいい。
スープはハイスペックといっていい洗練された醤油テイストで、力強い醤油の香味が素晴らしい。入ってるのか入ってないのか分かんないけど、生姜ライクな香りも感じる。塩味は強めだけど、あっさりしていて、尚且つコク深く、麺との絡むもバッチリ。
具材は、レアチャーシュー、海苔、メンマ、豆苗(？)。


entry 69   らーめん あさひ (南柏, visited Jun. 2023)
住所：柏市南柏1-6-8

-あさひ醤油 (780 JPY)-
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
あっさりしたスープは塩味がしっかり効いて、甘めで優しい味。動物系の旨味を感じる。
麺はゆるやかにウェーブした細麺。ツルッとしていて噛み心地(キック)も良く、綺麗な味で美味しい。
麺とスープの相性はバッチリ。
具は、
カイワレ：おしゃれ。
葱：大きめにカットされていて食感楽しめる。
メンマ：歯がスッと入って軟らかいんだけど、食感も程よく楽しめる。
チャーシュー：ソリッド系。出汁を取ってるからだろうか味が抜けてると思うけど美味しいし、噛みごごちと劈開する感覚が好き。
ちゃんとラーメンしてて、洗練された味わいでかなり旨い！


entry 70   味仙 今池本店 (今池, visited Jul. 2023)
住所：名古屋市千種区今池1-12-10

 
-瓶ビール (大瓶) (690 JPY)- 
クラシックラガー 

-台湾ラーメン (台湾拉面) (750 JPY)- 
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
辛い。兎に角辛い。むせるほど辛い(実際むせた)。でも旨い。とっても旨い。 
具はシンプルに味付けされた挽肉(台湾ミンチっていうの？)とニラ(と唐辛子)。 
麺はツルシコ、プッツリと歯切れの良いほぼストレートの中細(？)麺がとても美味しい。 
スープは鬼辛さに加えて旨味リッチ。辛いけど、過剰な塩辛さやクドさが無くてけっこうスッキリしている。
よく分かんないけど、滅茶苦茶旨い。神懸かった旨さ！ 

-マーボードーフ (麻婆豆腐) (830 JPY)-
-RATING- ★★☆☆☆
-REVIEW-
普通の麻婆豆腐で 辛さ大分控えめ。
当然、山椒は入ってない。 台湾中華だっていうことを忘れていた。 





-ウーロンハイ (500 JPY)-


-あさり炒め (炒海虫見) (900 JPY)- 
-RATING- ★★★★★
-REVIEW-
他のお客さんがみんな頼んでいたので追加オーダー。 
マイルドで滋味深いニンニクたっぷりのスープ。浅利エキスも染み出ていて真剣美味。
唐辛子も浮いているけど、辛さはほぼ感じない(麻痺していたか？)。
浅利は身がふっくら仕上がっていて美味し。 兎に角旨い。絶品の領域。頼んで正解。 


ラーメンは絶対的正義。
庶民でもお腹いっぱいラーメン食べれる国に生まれて本当によかったです。
ビバ、ラーメン。

 
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